21-1. 주택관련 과세특례(농어촌주택)

양도소득세 요약

 

 

주택관련 과세특례(농어촌주택)

 

1. 관련 법령

 

(1) 조세특례제한법 제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)

 

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음...에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

• 가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」제2조 제13호에 따른 기회발전특구(같은 법 제2조 제12호에 따른 인구감소지역, 「접경지역 지원 특별법」제2조 제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이조 및 제5장의11에서 "기회발전특구"라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍・면 또는 인구규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것(2023.12.31 개정)
  1. 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역(경기도 연천군, 인천광역시 옹진군, 강화군,「조특칙」 §45①)을 제외한다.
  2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시지역. 다만.... 인구감소지역 중 주동산가격동향... 정하는 대통령령으로 정하는 지역(영남・해남 관광레저형 기업도시개발구역, 태안 관광레저형 기업도시개발구역, 「조특칙」 §45②)을 제외한다.
  3. 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역(2020.12.29. 개정)
  4. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조에 따른 허가구역
  5. 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역
• 나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

☞ 2023.1.1. 이후 일반주택을 양도하는 분부터 적용함. (조특법 <부칙 제19199호, 2022.12.31. §39)

 

2. 개념 정리(조특법§99의4①1, 조특령 §99의4)

 

일반주택을 보유한 상태에서 추가로 농어촌주택을 취득하고 일정조건을 충족하면 일반주택의 양도에 대하여 비과세함.

 

(1) 농어촌주택 요건

 

1)농어촌주택 취득기간 및 보유요건

 

1세대가 일반주택을 보유한 상태에서 2003.8.1.~2025.12.31.까지 “지역과 가액요건”을 충족하는 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유

 

2)농어촌주택 지역요건

 

• 아래 배제지역이 아닌 읍・면지역 또는 인구 20만 명 이하의 시의 동(洞)지역.
• 단, 일반주택이 소재하는 동(洞)이나 연접한 동(洞)이 아니어야 함

◈배제지역

•수도권(서울, 인천, 경기도 일원. 단, 접경지역 중 경기 연천군, 인천 옹진군과 강화군은 제외) •도시지역 -「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조, 용도지역이 주거・상업・공업・녹지 중 하나이면 도시지역에 해당함. -단, 인구감소지역 지정된 영남 해남 관광레저형 기업도시개발구역, 태안관광레저형 기업도시개발구역 제외 •조정대상지역(「주택법」제63조의2) -단, 2020.12.31.까지 취득한 농어촌주택의 경우는 「소득세법」제104조의2 제1항에 따른 지정지역임 •허가구역(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조) •관광단지(「관광진흥법」제2조)

 

☞ 농어촌주택 면적요건(대지 660m이내)은 2020.12.29. 세법 개정으로 삭제되어 2021.1.1. 이후 일반주택을 양도하는 경우 농어촌주택의 면적요건은 적용되지 않음.

 

3) 농어촌주택 가액요건

 

• 주택 및 부수토지의 취득당시 기준시가 3억원(한옥 4억원)이하.
• 취득 이후 주택을 증축하거나 부수토지를 추가하여 취득하면, 증축 및 추가된 부수토지의 가액을 포함하여 가액요건을 적용한다(조특령§99의41)

 

(2) 농어촌주택 과세특례 혜택과 사후관리

 

• 농어촌주택 취득 이전에 보유하던 일반주택을 양도하여 1세대1주택 비과세 대상 여부를 판단함에, 농어촌주택을 제외한다.
• 농어촌주택 취득 후 3년이 지나기 전에 일반주택을 양도하여도 비과세가 가능하다. 그러나, 일반주택을 비과세로 양도하고, 농어촌주택을 취득일로부터 3년 이상 보유하지 않게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 달의 말일부터 2달 이내에 과세특례를 적용받지 않았을 경우 납부할 양도소득세액을 신고・납부하여야 함.

 

(3) 과세특례 적용신청 및 첨부서류

 

일반주택의 양도소득세 신고기한 내에 「농어촌주택 등 취득자에 대한 과세특례신고서」(조특법 시행규칙 별지 제63호의4)를 제출하여야 함.

 

3. 체크할 사항

 

• 농어촌주택의 취득시기와 소재지 기준 및 취득 당시 기준시가를 확인하여야 하며, 일반주택 취득 후에 농어촌주택을 취득하였는지도 확인.
• 농어촌주택을 먼저 취득하고 일반주택을 나중에 취득한 경우는 과세특례가 적용되지 않음.

 

4.관련 사례 및 해석

 

(1)예규・판례

 

◈ 일반주택을 보유한 1세대가 조세특례제한법 제99조의4에 따른 농어촌주택등의 취득 후 일반주택과 농어촌주택 등을 양도하는 경우, 일반주택과 농어촌주택등의 보유기간 기산일은 해당 주택의 취득일임(기획재정부 재산세제과-1049, 2022.08.25.)

☞ 일반주택양도일에서 변경되어, 기존 유권해석 서면-2017-법령해석재산-141 외 다수 삭제 정비됨.

 

◈ 농어촌주택을 미등기하여도 양도하는 주택이 등기된 자산인 경우에는 조세특례제한법§994에 따른 과세특례 적용 가능함(사전-2022-법규재산-0649, 2022.06.30.)

 

◈ 농어촌주택과 일시적 1세대2주택 중복적용 가능(사전-2021-법령해석재산-0072, 2021.02.23.)

1세대가 A주택(종전주택), B주택(「조특법」제99조의4에 따른 농어촌주택), C주택(신규주택)을 취득하여 3주택이 된 상태에서 A주택을 양도하는 경우 해당 1세대가 3년 이상 보유하는 B주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것임.

 

◈ 농어촌주택과 장기임대주택을 보유한 1세대가 거주주택 양도 비과세 가능(서면-2020-부동산-0128, 2020.02.17.)

「소령」제155조제20항 각 호에 다른 장기임대주택과 거주주택을 소유하는 1세대가 「조특법」제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 「소령」제154조제1항을 적용함.

 

◈ 농어촌주택과 1주택 보유상태에서 1주택이 조합원입주권이 된 경우 대체주택 취득 후 대체주택 비과세는 불가능(서면-2020-법령해석재산-0787, 2021.01.08.)

조정대상지역 내의 A주택과 농어촌주택(B주택)을 보유한 상태에서 A주택에 대한 재건축사업의 시행기간동안 조정대상지역 내 C주택을 취득하고, 이후 B주택을 먼저 양도하고 A주택의 재건축사업이 완공된 후 2년 내 거주 중이던 C주택을 양도하는 경우, 해당 C주택은 「소령」제156조의2 제5항 각 호의 요건을 갖춘 '대체주택'에 해당하지 않는 것임.

☞ 일반적으로 조특법상 농어촌주택과 소득세법상 일시적 2주택 등 비과세 특례는 중첩적용이 가능하나, 상기 해석은 「소령」§156의2에 따른 대체주택 비과세조건을 사업시행인가일 현재 1주택으로 보는 경우에 한정하는데, 사업시행인가일 2주택 이상인 상태이며, 과세대상인 농어촌주택(특례주택)을 먼저 양도한 경우이므로 대체주택 비과세가 안 되는 것으로 해석함. 최근 변경된 기획재정부 해석(기획재정부 재산세제과-1270, 2023.10.23.)에서는 1주택을 보유한 1세대의 판단시점을 대체주택 취득일을 기준으로 적용하므로 "대체주택 취득일 현재 2주택 이상을 소유하지 않아야 한다"는 조건에서 2주택 이상이 특례주택을 포함한 개념인지 추가해석이 필요하다고 판단됨.

 

◈ 농어촌주택이 2채인 경우(재산세과-489, 2009.10.16, 서면-2018-부동산-3283, 2019.11.12.)

일반주택 보유자가 농어촌주택 2채를 취득한 경우는 농어촌주택 과세특례가 적용되지 않으마, 농어촌주택 1채를 양도한 후 일반주택을 양도하는 경우는 특례가 적용됨.

 

◈ 농어촌주택 멸실 후 재건축한 경우(부동산거래관리과-1340, 2010.11.08.)

취득기간 전에 취득한 주택이 멸실되어 농어촌주택 취득기간 중에 다시 건축한 경우 농어촌주택 및 고향주택에 해당되지 않음.

 

◈ 농어촌주택 부수토지 보유상태에서 농어촌주택 신축 취득하는 경우(서면-2022-부동산-0828, 2022.04.06.)

국내에 1주택을 소유한 1세대가 보유하고 있던 농어촌주택 부수토지에 일반주택을 취득한 후, 2003년 8월 1일부터 2022년 12월 31일까지(현행 2025년12월31일까지)의 기간 중에 「조특법」제99조의4제1항에 따른 요건을 충족하는 농어촌주택을 신축하여 취득하는 경우 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도할 때 그 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소법」제89조제1항제3호를 적용하는 것임.

☞ 부수토지는 일반주택 전에 취득하였더라도 농어촌주택의 신축이 일반주택 이후이므로 종전주택 보유상태에서 농어촌주택 취득하여야 하는 조건을 충족한 것으로 봄.