13-6. 장기보유특별공제

양도소득세를 계산할 때 장기보유특별공제는 세액을 줄이는 효과를 끼친다.

1. 장기보유특별공제란

부동산을 3년 이상 보유하면 양도차익에서 일정률을 공제하는 제도를 말한다.
물가상승에 의해 양도차익이 늘어나는 부분을 상쇄하기 위해 이 제도를 적용한다.

(1) 적용대상

• 이 공제의 적용대상은 부동산이어야 한다. 따라서 분양권이나 관리처분인가일 이후에 발생한 입주권의 양도차익은 그 대상이 아니다.
• 또한 3년 이상 보유해야 하므로 3년 미만 보유하면 적용대상이 아니다.
• 중과세를 적용받는 주택과 미등기자산은 정책적으로 이에 대한 공제를 적용하지 않는다.

(2) 공제의 적용 범위

 

이 공제를 적용할 때 해당 부동산의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도차익 전체를 기준으로 한다.
다만, 아래와 같이 예외적인 경우가 있다.

• 원조합원의 입주권: 부동산의 취득시기부터 관리처분계획인가일까지에 발생한 양도차익에 대해서만 적용한다.
• 승계조합원의 입주권 : 당해 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 된다.(서면4팀-1828, 2005.10.6.). 따라서 이날을 기준으로 3년 이상 보유 시 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제율을 적용한다.
• 주택 멸실 후 신축한 경우 : 구주택 보유기간과 신축주택 보유기간을 통산한다.
• 주택과 부수토지의 보유기간이 다른 경우 : 이 경우에는 아래와 같이 계산한다.
  • ① 고가주택 토지분 장기보유특별공제액
    = 토지 장기보유특별공제액 × [1 - {12억 원 × 토지양도가액/(토지+건물양도가액)}/토지양도가액]
  • ② 고가주택 건물분 장기보유특별공제액
    = 건물 장기보유특별공제액 × [1 - {12억 원 × 건물양도가액/(토지+건물양도가액)}/건물양도가액]
• 상속·증여자산 : 상속이나 증여를 받은 이후의 날부터 양도일까지의 기간에 대해 공제를 적용한다.

양도소득세 집행기준

95-159의 3-1 [멸실 후 신축한 1세대 1주택의 장기보유특별공제액 계산] 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우로서 그 주택이 기존주택을 멸실하고 신축한 주택에 해당하는 경우 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 신축한 주택의 사용승인서 교부일부터 계산한다.

95-159의 3-3 [주택의 용도를 변경한 경우 보유기간 계산] 주택을 주택 외의 용도로 변경하여 사용하다가 이를 다시 주택으로 용도변경하여 사용한 후 양도한 경우 해당 주택의 보유기간 계산은 해당 건물의 취득일부터 양도일까지의 기간 중 주택으로 사용한 기간을 통산한다.

5-159의 3-5 [장기보유특별공제를 위한 보유기간 계산 기준일]   ▸ 상속받은 부동산: 상속개시일   ▸ 증여받은 부동산: 증여 등기일   ▸ 재산분할 부동산: 이혼 전 배우자의 취득한 날   ▸ 이월과세대상 부동산: 당초 증여자가 취득한 날   ▸ 부당행위계산대상 부동산: 당초 증여자가 취득한 날   ▸ 가업상속공제 적용 대상 자산: 당초 피상속인이 취득한 날   ▸ [도시 및 주거환경정비법]에 따른재개발·재건축      - 원조합원: 종전 주택을 취득한 날      - 승계조합원: 신축완성주택의 취득시기(사용승인서 교부일 등)

2. 장기보유특별공제율

장기보유특별공제율은 세 가지 유형으로 구분된다.

(1) 일반적인 경우

 

3년 보유 6%에서 매2년마다 2%씩 증가하여 15년 이상 보유시 최대 30%를 공제한다.

보유기간(년)	3~ 4	4~ 5	5~ 6	6~ 7	7~ 8	8~ 9	9~10	10~11	11~12	12~13	13~14	14~15	15이상
공제율(%)	6	8	10	12	14	16	18	20	22	24	26	28	30

(2) 고가 1주택자(특례)

고가 1주택자에 대해서는 아래와 같은 특례가 주어진다.

 

■2021년 이후
2021년 이후부터 보유기간과 거주기간으로 나눠 특례공제율을 적용한다.

구분	3~4	4~5	5~6	6~7	7~8	8~9	9~10	10년이상
보유기간	12%	16%	20%	24%	28%	32%	36%	40%
거주기간	12%	16%	20%	24%	28%	32%	36%	40%

(80% 공제를 받기 위해서는 기본적으로 10년 거주가 필요하다. 참고로 비과세 요건 중 보유기간 등이 다시 계산되더라도 장기보유특별공제 보유기간은 변경되지 않는다.)

다만, 3년 이상 보유한 경우로서 2년 미만 거주하면 8%를 보유기간별 공제율에 더해 계산한다.

 

예를 들어 5년 보유 중 2년을 거주했다면 아래와 같이 공제율이 적용된다.
• 보유기간별 공제율 : 5년×4%=20%
• 거주기간별 공제율 : 2년x4%=8%
• 계 : 28%

(3) 「조세특례제한법」상 공제

 

「조세특례제한법」은 조세를 통해 특정한 정책목표를 달성하기 위해 만들어진 법이다.
이 법에서는 임대등록한 사업자(단기임대주택사업자 또는 장기임대주택사업자)를 위해 최대 40~70%의 장기보유특별공제를 적용하고 있다.
다만, 이러한 혜택을 받기 위해서는 법에서 제시하고 있는 요건을 충족해야 한다.

1) 단기임대주택사업자
관할 시·군·구청에 의무임대기간 4년 짜리를 선택한 경우로써 6년 이상 임대 시 기본공제율에 매년 2%씩 10%를 한도로 추가한다. 예를 들어 이 사업자가 6년을 임대한 후 이를 양도하면 12%에 2%를 더한 14%, 7년을 임대하면 14%에 4%를 더한 18%가 적용된다.
15년을 임대하면 30%에 10%를 더한 40%를 적용받을 수 있다(양도차익 전체에 대해 적용).

2) 장기임대주택사업자
관할 시·군·구청에 의무임대기간 8년 짜리를 선택한 경우로써 8~10년 미만 임대 시는 50%, 10년 이상 임대 시에는 70%를 적용한다.
이렇게 공제율을 계산하면 임대기간 중의 양도차익에 대해 50~70%의 공제율이 적용된다.(임대기간 중에 발생한 양도차익에 대해서만 적용하도록 최근 법이 개정되었다.)

3) 임대주택을 거주주택으로 전환한 경우
이 경우에는 임대주택과 거주주택의 양도차익을 구분하여 각각에 맞는 공제율을 적용한다.
이때 거주주택이 1세대 1주택이고 고가주택에 해당하면 최고 80%의 공제율이 적용된다(이때 보유기간 등은 전환일 이후의 기간으로 산정한다).

● 장기임대주택의 장기보유특별공제율 특례 적용요건
장기임대주택으로 등록하면 상당히 높은 공제율을 적용받을 수 있지만, 주택규모와 기준시가 등의 요건을 충족해야 한다.

구분	장기임대주택(「조세특례제한법」 제97의 3) 과세특례 요건
규모 요건	전용면적 85㎡ 이하일 것
기준시가 요건	(단, 2018년 9월 14일 이후 취득한 주택은 임대개시일 현재 수도권 6억· 비수도권 3억 이하일 것)
지역 요건	별도로 없음(즉 전국적으로 적용).
의무임대 기간	장기임대주택으로 등록하고, 그 기간 동안 임대한 기간을 통산하여 8년 이상인 경우 계속하여 임대한 것으로 간주
임대료 인상률	∙ 임대료 상한율 5%를 초과하지 않을 것 ∙ 의무임대기간 종료 후에도 이를 준수할 것
특례 내용	장기보유특별공제율 50%(8년), 70%(10년) 적용

위에서 의무임대기간은 8년 이상인데, 이 기간은 임대기간 중에 통산해서 판단한다.

이때 상속이 발생한 경우에는 피상속인의 임대기간을 합산하며, 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월 이내의 기간도 합산한다.

●중과세제도와 장기보유특별공제제도의 관계
중과세제도는「소득세법」제104조에서 규정된 것이고 장기보유특별공제는 「소득세법」 제95조에서 규정된 것이다.

따라서 이 둘의 제도는 별개의 것에 해당한다.

따라서 양도소득세 중과세가 적용되더라도 장기보유특별공제율은 0%도 가능하고 50% 또는 70% 적용도 가능하다.

마찬가지로 일반세율이 적용되더라도 장기보유특별공제율은 0%, 6~30%, 24~80%도 가능하고 50% 또는 70% 적용도 가능하다.