8-9. 특수용도의 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등

1. 의의

 

• 면세유의 공급에 대해서는 부가가치세와 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 것에 대한 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 면제한다.
• 이 경우 아래의 ①은 2023년 12월 31일까지 공급하는 것에만 적용하고, ②는 2022년 12월 31일까지 공급하는 것만 적용한다.(조특법 제106조의2)
  
  • ① 농어민등이 농업·임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령(특례규정 제15조)으로 정하는 것
  • ② 연안을 운항하는 여객선박(「관광진흥법」제2조에 따른 관광사업 목적으로 사용되는 여객선박은 제외한다)에 사용할 목적으로「한국해운조합법」에 따라 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류

 

(1) 농·임·어업용 면세석유류 적용대상 농어민 등의 범위

 

“농어민”이란 다음 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.(특례규정제14조)

1) 농민

한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업·축산업·작물재배 및 축산복합농업 또는 농산물건조장운영업에 종사하는 다음 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종(콩나물재배업)에 종사하는 자를 제외한다.

• ① 개인(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당하되, 농산물건조장운영업에 종사하는 자는 그러하지 아니하다)
• ② 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인
• ③ 「농업협동조합법」에 따른 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

2) 임업인

한국표준산업분류상의 임업 중 영림업 또는 벌목업에 종사하는 다음 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

• ① 개인
• ② 「산림조합법」에 의한 조합

3) 어민

한국표준산업분류상의 어업 또는 수산물 자숙·건조장운영업에 종사하는 다음 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

• ① 개인
• ② 「수산업법」 제10조에 따른 영어조합법인
• ③ 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합과 어촌계
• ④ 어업주업법인

 

 

(2) 농업·임업·어업용 면세석유류의 범위

 

농업·임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류는 다음 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.(특례규정 제15조)

• ① 다음 어느 하나에 해당하는 시설에 사용할 목적을 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회를 통해 공급하는 석유류
  • ㉠ 연근해 및 연안구역 어업용 선박(「어선법」제3조에 따른 어선의 설비를 포함한다)
  • ㉡ 나잠어업(裸潛漁業) 종사자의 탈의실용 난방시설 및 수송용 선박(「수산업법」에 따른 관리선 및 어업허가를 받은 어선만 해당한다)
  • ㉢ 어민이 직접 운영하는 수산물생산기초시설·양식업용 시설 및 수산종자생산시설로서 기획재정부령이 정하는 시설(특례규정 시행규칙 별표1)
  • ㉣ 「어선법」제2조 제1호에 따른 선박으로서 어민이 직접 포획·채취한 어획물을 어업장으로부터 양육지까지 운반하는 용도로 사용하는 해당 어민 소유의 선박(같은 법 제3조에 따른 어선의 설비를 포함한다)
  • ㉤ 「낚시 관리 및 육성법」에 의하여 신고한 낚시어선업용 선박(「수산업·어촌 발전기본법」 제3조 제3호에 따른 어업인이 「어선법」 제13조 제1항에 따라 등록한 선박만 해당한다)
• ② 농업기계, 임업기계, 어업기계, 내수면어업용 선박 및 내수면육상양식어업용시설(수온유지용 및 양수용에 한한다)로서 「농업협동조합법」에 따른 조합·중앙회, 「산림조합법」에 따른 조합·중앙회 또는 「수산업협동조합법」에 따른 조합·중앙회(“면세유류관리기관”)에 신고된 것에 사용할 목적으로 공급하는 석유류
  • ☞"농업기계, 임업기계, 어업기계"란 별표 2, 별표 3 및 별표 4의 면세유류 구입카드 등 교부대상농업기계, 임업기계 및 어업기계를 말한다.(특례규정 시행규칙 제7조)
  • ☞내수면어업용 선박은 「내수면어업법」에 의한 내수면어업에 사용되는 선박으로서「어선법」에따라 동력어선으로 지방자치단체에 등록된 선박을 말하고, 동호의 내수면육상양식 어업용시설은「내수면어업법」에 따른 양식어업에 사용되는 시설 또는 「수산종자산업육성법」에 따른 수산종자생산업에 사용되는 시설 중 육상에 인공적으로 조성된 내수면에서 양식어업 또는 수산종자생산업에 사용되는 시설을 말한다.(특례규정 제15조 2항)

(3) 면세유를 공급받기 위한 절차

 

1) 면세유류 관리기관인 조합에 보유현황등 신고

농어민등이 면세유를 공급받기 위하여는 “면세유류 관리기관인 조합”에 “농기계등”의 보유 현황과 영농·영림 또는 어업경영 사실을 신고239)하여야 하며, 농기계등의 취득·양도 또는 농어민등의 사망,이농(離農) 등으로 그 신고 내용에 달라진 사항이 있으면 그 사유 발생일부터 30일 이내에그 변동내용을 신고하여야 한다.(조특법 제106조의2 3항)

☞농어민등은 2년마다(기획재정부령으로 정하는 농기계등의 경우에는 매년) 농기계등의 보유현황을 “면세유류 관리기관인 조합”에 각각 신고하여야 한다. 이 경우 신고 시기 및 신고 방법 등 세부적인 사항은 농림축산식품부장관, 해양수산부장관 또는 산림청장이 따로 정할 수 있다.(특례규정 제15조의3 2항)

 

2) 면세유류 구입카드등 수취

농어민등이 면세유를 공급받으려면 면세유류 관리기관인 조합으로부터 다음 어느 하나에 해당하는 면세유류 구입카드 또는 출고지시서(이하 “면세유류 구입카드등")를 발급받아야 한다.(조특법 제106조의2 4항)

• ① 다음 어느 하나에 해당하는 자가 면세유류관리기관이 배정하는 한도 내에서 면세유를 공급받을 수 있도록 면세유류관리기관으로부터 「여신전문금융업법」에 따라 교부받은 직불카드 또는 신용카드(이하 “면세유류구입카드”라 한다)
  • ㉠ 농민
  • ㉡ 「농업협동조합법」에 따른 조합에 내수면어업 · 양식업용 선박 및 내수면육상양식업용 시설을 신고한 어민
  • ㉢ 직전 연도에 면세유(「수산업협동조합법」에 따른 조합이 직영하는 주유소 또는 그 조합과 공급대행계약이 체결된 주유소가 공급한 면세유에 한한다)를 40킬로리터(휘발유의 경우에는 20킬로리터) 이상 공급받은 어민. 다만, 「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제25조 제2항 제1호에 따른 종합신용정보집중기관에 약정한 기일 내에 채무를 변제하지 아니한 자로 관리되고 있거나 이와 비슷한 경우에 해당하여 해양수산부장관이 정하여 고시하는 자는 제외한다.
• ② 어민(①에 해당하는 자는 제외) 및 임업인이 면세유를 공급받을 수 있도록 면세유류관리기관이 교부하는 출고지시서 또는 구입권으로서 국세청장이 그 서식 등을 정한 것

 

3) 농어민등의 준수사항

 

농어민등이 면세유를 농기계등에 사용하려는 경우에는 다음의 구분에 따른 사항을 준수하여야 한다.

이 경우 농어민등이 제1호 나목 및 제2호에 따른 서류를 매반기 마지막 달의 다음 달 말일(“제출기한”)까지 제출하지 아니한 경우에는 면세유류 관리기관인 조합은 농어민등에게 제출기한부터 1개월이 되는 날(“최종 제출기한")까지 해당 서류를 제출할 것을 요구하여야 한다.(조특법 제106조의2 5항)

• ① 다음의 농기계등의 경우에는 사용 실적 등을 확인할 수 있는 장치를 부착하고 사용 실적 등을 확인할 수 있는 서류를 제출기한까지 면세유류관리기관인 조합에 제출하여야 한다.
  • ㉠ 농업용 트랙터, 농업용 콤바인, 농업용 난방기, 농선(10톤 이상인 것만 해당한다), 버섯재배소독기, 곡물건조기 및 농산물건조기. 다만, 농업용 난방기, 버섯재배소독기, 곡물건조기 및 농산물건조기 중 등유 또는 액화석유가스를 연료로 사용하는 것은 제외한다.
  • ㉡연근해 및 연안구역 어업용 선박으로서 10톤 이상인 것과 선외내연기관을 부착한 선박
  • ㉢ 내수면 어업·양식업용 선박으로서 10톤 이상인 것과 선외내연기관을 부착한 선박
    • ☞확인할 수 있는 장치란 조업사실 및 조업시간을 측정할 수 있는 장치로서 다음 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.(특례규정 제17조 2항)
      • 1. 가동시간을 자동으로 측정할 수 있는 시간계측기(농선과 선박인 경우에는「수산업협동조합법」에 따른 수산업협동조합중앙회장이 지정하는 기관의 검증을 거친 것에 한한다)
      • 2. 선박브이패스시스템용 송신기 등 「어선법」제5조의2에 따른 어선위치발신장치
      • 3. 선박 건조 시 부착된 가동시간 계측장치(해양수산부장관이 정하는 기준에 따라 수산업협동조합법」에 따른 수산업협동조합중앙회장의 확인을 거친 것만 해당한다)
    • ☞ 사용 실적 등을 확인할 수 있는 서류란 사용실적 신고서를 말한다.(특례규정 제17조 3항)
• ② 다음의 농업기계, 어업기계 및 농어업용 시설의 경우에는 생산 실적 등을 확인할 수 있는 서류를 제출기한까지 면세유류 관리기관인 조합에 제출하여야 한다.
  • ㉠ 수산물생산기초시설, 양식업용 시설 및 수산종자생산시설
  • ㉡농업기계, 어업기계 및 내수면육상양식업용 시설
  • ☞ “농업기계, 어업기계 및 농어업용 시설”이란 해당 기계 및 시설에 직전연도에 면세 석유류를 10킬로리터 이상 공급받은 농민과 40킬로리터(휘발유의 경우에는 20킬로리터) 이상 공급받은 어민이 소유하고 있는 농업기계, 어업기계 및 농어업용 시설을 말한다.(특례규정 제17조 4항)
  • ☞ “생산 실적 등을 확인할 수 있는 서류”란 다음의 서류를 말한다.(특례규정 제17조 5항)
    • 1. 농·어업생산의 개시를 증명할 수 있는 종묘·치어 등의 구입서류사본(한국표준산업분류상의 농업 중 시설작물재배업 및 어업 중 양식어업에 해당되는 경우에 한한다)
    • 2. 농·수산물 판매사실을 증명할 수 있는 도매·소매 및 중개업자 등에 대한 판매·출하량 등 판매서류 사본
    • 3. 생산 실적을 증명할 수 있는 사실을 기록한 국세청장이 고시하는 생산실적신고서
    • 5. 농·어업용 전기요금청구서 사본

2. 석유판매업자의 환급절차

 

주유소 등 석유판매업자가 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세가 과세된 석유류를 공급받아 농어민등에게 공급한 석유류가 면세유에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 부가가치세등 신고 및 환급신청을 하여 면제되는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있다.(조특법 제106조의2 2항)

 

(1) 석유판매업자

 

"석유판매업자”란 다음 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.(특례규정 제15조의2)

• ① 「석유 및 석유대체연료 사업법」 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 석유정제업자·석유수출입업자 또는 석유판매업자 및 액화석유가스의 안전관리 및 사업법」 제2조 제3호에 따른 액화석유가스 수출입업자
• ② 액화석유가스의 안전관리 및 사업법」제2조 제5호·제9호 및 같은 법 제44조 제2항에 따른 액화석유가스 충전사업자, 액화석유가스 판매사업자 및 액화석유가스 특정 사용자
• ③ 「고압가스 안전관리법」 제4조에 따른 고압가스제조자

 

(2) 부가가치세 등의 신고 및 환급

 

1) 부가가치세 신고

석유판매업자가 부가가치세를 면제 또는 감면받거나 부가가치세의 감면세액을 환급 또는 공제받으려면 농어민등 또는「한국해운조합법」에 따른 한국해운조합(이하 “한국해운조합”)에 공급한 해당 석유류를 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액244)으로 보아 부가가치세를 신고하여야 한다.(특례규정 제15조의2 2항)

☞ 면세유 공급업자가 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 전액 공제받을 수 있다.(조특집 106의2-0-2)

 

2) 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 감면세액 환급

석유판매업자가 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세(이하 “자동차세”)의 감면세액을 환급받으려면 농어민등에게 매월 공급한 면세유의 석유제품별 수량 및 환급세액 등이 기재된 석유판매업자의 면세유류 감면세액 환급신청서에 국세청장이 정하는 면세유류공급명세서를 첨부하여 다음 달 10일까지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(특례규정 제15조의2 3항)

이러한 환급신청을 받은 세무서장은 그 달의 25일까지 석유판매업자에게 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 교육세 감면세액을 환급하여야 한다.(특례규정 제15조의2 4항)

 

3) 자동차 주행에 대한 자동차세의 감면세액 환급

세무서장이 상기 2)에 따라 석유판매업자에게 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세의 감면세액을 환급한 경우에는 자동차세 감면세액의 환급을 위하여 기획재정부령으로 정하는 자료[교통·에너지·환경세의 감면세액 환급내역을 말하며, 그 통보서식은 별지 제11호 서식]를 환급일의 다음 달 10일까지 울산광역시장에게 통보하여야 한다.(특례규정 제15조의2 5항)

이러한 통보를 받은 울산광역시장은 환급신청한 날의 다음 달 20일까지 자동차세의 감면세액을 석유판매업자에게 환급하여야 한다.(특례규정 제15조의2 6항)

 

3. 감면세액 등의 추징 등

 

(1) 감면세액 추징사유

 

• 농어민등이 발급받은 면세유류 구입카드등으로 공급받은 석유류를 농업·임업·어업용 외의 용도로 사용한 경우에는 다음에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.(조특법 제106조의2 9항)
• 이 경우 해당 석유류에 대한 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및교육세의 감면세액 등은 관할 세무서장이 국세징수의 예에 따라 추징하며, 해당 석유류에 대한 자동차세의 감면세액 등은 자동차세 특별징수의무자가 지방세징수의 예에 따라 추징한다.(특례규정 제21조 1항)
  • 해당 석유류에 대한 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세의 감면세액
  • 위에 따른 감면세액의 100분의 40에 해당하는 금액의 가산세

 

(2) 면세유 사용제한

 

• 농어민등이 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 농어민등(그 농어민등과 공동으로 생산 활동을 하는 배우자 및 직계존비속으로서 생계를 같이하는 자를 포함한다)은 면세유류 관리기관이 그 사실을 안 날부터 2년간(③의 경우에는 1년간, ④의 경우로서 감면세액에 대한 추징세액을 2년이 지난 날까지 납부하지 아니한 경우에는 그 추징세액을 납부하는 날까지) 면세유를 사용할 수 없다.
• 다만, 천재지변 등 사유로 변동신고를 하지 못하거나 사용실적 등을 확인할 수 있는 서류를 최종 제출기한까지 제출하지 못한 경우에는 면세유를 사용할 수 있다.(조특법 제106조의2 10항)
  • ① 농기계등 보유현황등의 신고를 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 하거나 변동신고를 하지 아니한 경우
  • ② 발급받은 면세유류 구입카드등과 그 면세유류 구입카드등으로 공급받은 석유류를 타인에게 양도한 경우
  • ③ 사용실적 등을 확인할 수 있는 서류를 최종 제출기한까지 제출하지 아니하거나 거짓으로 제출한 경우
  • ④ 감면세액의 추징사유가 발생한 경우