재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당하더라도 사업을 양수받는 자가 그 양수에 따른 대가를 양도하는 자에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고·납부한 경우에는 재화의 공급으로 보며, 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함)에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 사업장관할세무서장에게 납부할 수 있는데, 이러한 대리납부세액(사업을 양수받는 자가 그 대가를 받은 자로부터 징수한 부가가치세)은 다음의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서[별지 제37호의2서식]와 함께 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다.(부가법 제52조 4항, 부가령 제95조 5항)
① 사업양수자의 인적사항
② 사업의 양수에 따른 대가를 받은 자의 인적사항
③ 사업의 양수에 따른 대가의 가액과 부가가치세액
④ 그 밖의 참고 사항
이러한 대리납부하는 경우에도 사업양도자는 사업양수자에게 세금계산서를 발급하여야 하며, 사업양수자는 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액인 경우 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있다. 한편, 사업양도자는 부가가치세 신고시 사업양수자가 대리납부한 세액을 기납부세액으로 차감하여 기재한다.(부가집 10-23-3)
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