6-5. 의제매입세액 공제

1. 의의

 

• 매출세액에서 차감하는 매입세액은 원칙적으로 거래상대방에게 부가가치세를 거래징수당하고 세금계산서를 발급받아 매입처별 세금계산서합계표를 제출하는 경우에 공제한다.
• 예외적으로 사업자가 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 공급받아 이를 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우 면세로 공급받은 농산물 등의 가액의 일부를 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하는 의제매입세액공제제도를 두고 있다.
• 의제매입세액공제는 거래 전(前)단계는 부가가치세가 과세되고 중간단계에서 면세되며 최종 단계에서 과세되는 경우에는 환수효과(면세단계에서 과세를 포기한 부가가치세가 다시 국고에 환수되어 면세가 취소되는 현상)와 누적효과(면세 전단계에서 이미 과세된 부분에 대해 중복적으로 과세되는 현상)가 발생한다.
• 이러한 환수효과와 누적효과는 면세의 효과를 상실시키고 면세가 없는 경우보다도 소비자의 부가가치세 부담이 늘어나는 현상이 발생하게 되는데, 이러한 환수효과와 누적효과를 제거 또는 완화시킴으로서 농산물 등에 대한 면세효과를 유지시킴과 동시에 중간거래단계를 면세할 때에 나타나는 중복과세 문제를 해소하기 위하여 의제매입세액공제제도를 도입하고 있다.

 

2. 의제매입세액의 공제요건

 

사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우(면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외)에 적용된다.(부가법 제42조)

 

(1) 면세로 공급받은 농·축·수·임산물

 

공제대상 면세농산물 등에는 농산물·축산물·수산물·임산물의 원생산물과 원생산물의 본래의 성질 또는 성상이 변하지 않는 정도의 1차 가공을 거친 것, 김치·두부 등의 단순가공식료품, 원생산물의 본래의 성질 또는 성상이 변하지 아니하는 정도로 1차 가공 과정에서 필수적으로 발생하는 부산물, 미가공식료품을 단순히 혼합한 것 및 소금을 포함한다.(부가령 제84조)

 

(2) 원재료로 사용

 

의제매입세액의 공제대상이 되는 원재료는 다음과 같다.(부가집 42-84-4)

1. 재화를 형성하는 원료와 재료
2. 재화를 형성하지는 아니하나 해당 재화의 제조·가공에 직접적으로 사용되는 것으로서 화학반응을 하는 물품
3. 재화의 제조·가공 과정에서 해당 물품이 직접적으로 사용되는 단용 원자재
4. 용역을 창출하는데 직접적으로 사용되는 원료와 재료

 

(3) 제조·가공한 재화 또는 용역의 공급이 과세될 것

• 면세농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화나 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에만 공제되고, 면세를 포기하고 영세율이 적용받는 경우에는 공제되지 아니한다.(부가법 제42)
• 또한, 면세농산물 등을 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 그 밖의 목적을 위하여 사용. 소비하거나, 면세농산물(원재료)을 그대로 인도·양도하는 경우에는 의제매입세액으로 공제하지 아니한다.(부가령 제84조)

 

(4) 공급받은 사실을 증명하는 서류 제출

 

• 예정·확정 신고와 함께 의제매입세액 공제신고서와 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 제출하여야 한다.(부가법 제42)
• 다만, 제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만을 제출한다.(부가령 제84조 5항)
• 여기서 농어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업에 종사하거나 임업, 어업 및 소금 채취업에 종사하는 개인을 말한다.

 

(5) 의제매입세액의 공제시기

 

의제매입세액의 공제시기는 면세 농산물 등을 공급받은 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고시 매입세액으로 공제된다.

즉, 해당 원재료를 실제로 과세재화의 제조·가공 또는용역을 창출하기 위하여 사용하는 때에 공제하는 것은 아니다.

 

3. 의제매입세액의 계산

 

(1) 계산방법

 

의제매입세액은 다음과 같이 부가가치세를 면제받아 공급받은 면세농산물 등의 가액에 의제매입세액 공제율을 곱하여 산출한 금액으로 한다.(부가법 제42조)

 

의제매입세액 = 면세농산물 등의 가액(한도 내 금액) × 공제율

 

(2) 면세 농산물 등의 가액

 

의제매입세액으로서 공제할 수 있는 면세농산물등은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물( 부가령 제34조 제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함)로 하며(부가령 제84조 1항) 그 가액은 다음과 같이 계산한다.

1. 의제매입세액 공제대상 원재료인 면세농산물 등의 가액은 운임 등의 부대비용을 제외한 매입원가로 한다.(부가집 42-84-5)
2. 수입 면세농산물 등의 수입가액은 관세의 과세가격으로 한다.(부가칙 제56조)
3. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 제조, 채취, 채굴, 재배, 양식 기타 이와 유사한 방법에 의하여 취득한 면세원재료 가액은 소득세법 시행령 제89조 제1항 또는 법인세법 시행령 제72조 제2항의 따라 계산된 취득가액으로 한다.(부가집 42-84-5)

 

(3) 면세 농산물 등 가액의 한도

 

1) 일반적인 경우

해당 과세기간에 사업자가 매입한 면세농산물 등과 관련된 해당 과세기간의 과세표준에 일정율을 곱하여 계산한 매입금액을 공제할 수 있는 농산물 등의 가액의 한도로 한다.(부가령 제84조)

구분	과세표준	공제한도
법인	전체	매출액의 30%(2023.12.31.까지 40%)
개인	구체적 기준	2023.12.31.까지		2024.01.01. 이후(업종 구분없이)
		음식점	기타
	과세표준 1억원 이하	매출액의 65%	55%	50%
	과세표준 1억원초과 2억원 이하	매출액의 60%
	과세표준 2억원 초과	매출액의 50%	45%	40%

 

2) 일정한 제조업의 경우(특례)

다음 요건을 모두 충족하는 사업자는 제2기 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때, 1曆年에 공급받은 면세농산물등의 가액에 공제율을 곱한 금액에서 제1기 과세기간에 의제매입세액으로 공제받은 금액을 차감한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.(부가령 제84조 3항)

1. 제1기 과세기간에 공급받은 면세농산물등의 가액을 1년에 공급받은 면세농산물등의 가액으로 나누어 계산한 비율이 100분의 75 이상이거나 100분의 25 미만일 것
2. 해당 과세기간이 속하는 1억년 동안 계속하여 제조업을 영위하였을 것

의제매입세액 = 1역년 면세농산물 등의 가액 × 공제율 - 제1기 과세기간의 의제매입세액공제액

이 경우 1역년의 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도는 1년에 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준 합계액에 30% [개인사업자에 대해서는 과세표준 합계액이 4억원 이하인 경우에는 50%, 과세표준 합계액이 4억원 초과인 경우에는 40%(2023년 12월 31일까지는 과세표준 합계액이 4억원 이하인 경우에는 55%, 과세표준 합계액이 4억원초과인 경우에는 45%), 2023년 12월 31일까지 법인사업자에 대해서는 40%]을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액으로 한다.(부가령 제84조 5항)

 

(4) 의제매입세액 공제율

구분		공제율
음식점업	① 과세유흥장소의 경영자	2/102
	① 외의 음식점을 경영하는 사업자 중 개인사업자	8/108 과세표준 2억원 이하인 경우에는 2023년 12월 31일까지 9/109를 적용한다.
	위 외의 사업자	6/106
제조업	① 과자점업, 도정업, 제분업 및 떡류 제조업 중 떡방앗간을 경영하는 개인사업자	6/106
	①외의 제조업을 경영하는 사업자 중 중소기업 및 개인사업자	4/104
	위 외의 사업자	2/102
위 이외의 사업		2/102

 

(5) 의제매입세액의 회계처리

 

의제매입세액은 취득가액 내에 그 만큼의 매입세액이 포함되어 있다고 인정하는 금액이기 때문에 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물 등의 취득가액에서 의제매입세액상당액을 뺀 금액을 원재료의 가액으로 하고 의제매입세액상당액은 일반매입세액과 동일한 계정과목으로 처리한다.(간세1235-3456, 77.09.23.)

 

의세매입세액의 회계처리

음식점을 영위하는 홍길동(개인사업자)은 20×1.11.10. 거래처로부터 원재료(쌀, 고기) 10,000,000원(공급가액)을 구입하고 대금은 현금으로 지급하였다. 동 원재료와 관련하여 매입시(20×1.11.10.) 회계처리 및 의제매입세액공제와 관련하여 부가가치세 정리(20×1.12.31.) 회계처리하시오. (단, 의제매입세액공제액은 800,000원으로 가정하라) ① 매입시:            (차) 원재료            10,000,000   (대)   현금       10,000,000 ② 부가세정리:     (차) 부가세대급금      800,000   (대)  원재료          800,000

 

4. 겸업자의 의제매입세액 안분계산

 

(1) 의의

 

의제매입세액공제액을 계산함에 있어 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우 면세농산물인 원재료의 용도가 실지귀속이 구분되는 때에는 실지귀속에 따르고, 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 면세농산물의 매입가액을 합리적인 방법에 따라 의제매입세액으로 공제되는 금액과 공제되지 아니하는 금액으로 각각 안분하여 계산하여야 한다.

 

(2) 안분계산방법

 

• 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에는 부가령 제81조(공통매입세액의 안분계산)의 규정을 준용하여 계산한다.(부가칙 제56조 4항)
• 따라서 이러한 겸영사업자가 면세농산물등 원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 해당 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 여부를 구분하고 차기 이월 원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로 공통매입세액의 안분계산(부가령 제81조) 규정을 준용한다.
• 공통매입세액 안분계산규정을 준용할 때 적용하는 산식은 해당 사업장에서 매입한 면세원재료로 제조·가공한 과세재화 또는 창출한 과세용역과 면세재화·용역과의 총공급가액에 대한 과세재화·용역의 공급가액이 차지하는 비율에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료를 구분하고, 구분된 의제매입세액 공제대상 원재료의 매입가액으로 의제매입세액을 계산·공제한다.
• 한편, 의제매입세액이 공제된 원재료가 과세재화·용역의 원재료로 사용되지 아니하고 면세재화 또는 면세용역의 원재료로 전용되는 경우 전용한 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고시 추가 납부한다.

5. 의제매입세액의 재계산

• 의제매입세액으로서 공제한 면세농산물등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.
• 즉, 면세로 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 구입시에 의제매입세액을 공제받은 후 해당 재화의 구성부분의 일부만을 과세재화의 제조·가공 또는 과세용역의 창출에 사용하고 나머지 부분은 그대로 양도 또는 인도하는 경우에는 그 공제한 의제매입세액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.
• 이 경우 양도한 부분의 취득가액을 구분할 수 없거나 합리적인 구분 기준이 없는 때에는 양도한 부분의 양도가액을 기준으로 하여 계산할 수 있다.
• 한편, 면세로 공급받은 농·축·수·임산물을 원재료로 하여 제조·생산된 부가가치세 과세재화가 부패하여 폐기되거나 화재로 소실된 경우 의제매입세액으로 공제할 수 있다.

 

6. 공제받지 못한 의제매입세액의 구제방법

 

(1) 관련서류 미제출 등에 대한 구제방법

 

사업자가 예정신고시에 의제매입세액공제 관련 서류를 제출하지 못하여 공제받지 못한 의제매입세액은 확정신고시에 제출하여 공제받을 수 있으며, 예정 또는 확정신고시에 공제받지 못한 의제매입세액은 해당 서류를 다음 경우와 같이 제출하는 경우 의제매입세액을 공제받을 수 있다.

1. 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우
2. 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 경정하는 경우
3. 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우
4. 과세관청의 경정시 발급받은 계산서 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

 

(2) 계산서 기재 착오 등에 대한 구제방법

 

다음과 같은 계산서의 경우에도 의제매입세액공제를 공제받을 수 있는 계산서로 본다.

1. 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 발급받은 계산서
2. 발급받은 계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 계산서의그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우의 계산서
3. 면세되는 농산물 등의 공급시기 후에 발급받은 계산서로서 해당 공급시기가 속하는 부가가치세 과세기간 내 발급받은 계산서

해석사례

1. 국산경주마에 대한 의제매입세액 서울마사회 등의 경마경기에 경주마를 출주시키고 그 대가를 받는 사업을 영위하는 사업자가 국산경주마를 구입하여 해당 사업을 영위하는 경우에 국산경주마의 구입가액에 대하여는 부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의한 의제매입세액을 공제받을 수 없는 것임(부가 46015-1157, 1996.06.14.) 2. 탈각굴에 의한 의제매입세액 공제여부 생굴을 구입하여 제조·가공하여 전량 일본으로 수출하는 업체로서 수협 및 중매인등으로부터 단순 탈각굴(굴의 껍질이 제거된 것)을 구입하여 잔여껍질탈각, 세척, 선별, 염수첨가, 냉장포장 등의 과정을 거쳐 수출하는 경우 면세로 구입한 탈각굴의 의제매입세액공제대상 여부(재소비46015-57, 2003.03.03.) ☞ 수출하는 재화에 대하여 면세포기한 사업자가 탈각굴(껍질을 제거한 굴)을 구입하여 세척, 선별, 염수첨가, 냉장포장하여 수출하는 경우에는 부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의한 의제매입세액은 공제받을 수 없음 3. 임목을 광물채취의 자재로 사용하는 경우 의제매입세액 공제여부 광산업을 영위하는 자가 임목을 광물채취의 자재로 사용하는 경우에는 부가가치세법 제17조 제3항에 따른 의제매입세액이 공제되지 아니함(간세1235-2344, 1977.08.01.) 4. 조경업자가 농민으로부터 수목을 직접 구입시 의제매입세액 공제여부 조경공사업을 영위하는 건설업자가 조경공사에 직접 사용되는 수목 등의 부가가치세가 면제되는 원료 또는 재료를 면세사업자로부터 공급받고 부가가치세법 제18조 및 제19조에 따른 신고시 매입처별계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 사업장관할세무서장에게 제출하는 경우에는 부가가치세법 제17조 제3항에 규정된 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이나, 동 면세 원재료를 농민으로부터 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액을 공제받을 수 없음(부가46015-2921, 1995.12.27.) 5. 생화를 과세되는 행사용역에 사용시 의제매입세액 공제여부 사업자가 부가가치세가 면제되는 생화를 공급받아 이를 원재료로 하여 제조·가공한 재화가부가가치세가 과세되는 각종 행사용역의 공급에 사용되는 경우 부가령 제62조 제1항에서 규정하는 면세농산물 등의 가액에 같은 법 시행규칙 제19조 제1항이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 같은법 제17조 제3항의 규정에 의하여 의제매입세액으로 공제하는 것임(서삼-1539, 2005.09.15.) 6. 호텔업자의 예식장 임대와 관련 생화구입시 의제매입세액 공제율 호텔사업자가 식당과 구분되지 않는 예식장을 고객에게 무상으로 임대함에 있어 생화를 구입하여 예식장을 장식하고 그 대가를 받는 경우 해당 생화의 구입가액에 대하여 부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의한 의제매입세액 공제시 같은 법 시행규칙 제19조 제1항에 규정된 음식점업의 공제율을 적용하지 아니하는 것임(서삼-1876, 2007.07.02.) 7. 닭을 위탁사육하는데 투입되는 사료비·위탁 사육 수수료 등은 의제매입세액의 대상이 되는 매입가액에 포함됨 위탁사육계약에 따라 수탁사육농가에게 지급한 닭의 사육과 관련한 사료비, 위탁사육수수료와 농가위탁관리비(농가위탁관리 부서 직원의 인건비, 경비 등)는 구부가가치세법 제17조와 같은 법 구 시행령 제62조에 따라 의제매입세액 공제대상 축산물가액에 포함함(국세청 법규-99, 2014.02.04.) 8. 면세원재료 매입 사업장과 최종제품 완성 사업장이 다른 경우 의제매입세액 공제 여부 제조업을 영위하는 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 당해 사업장에서 하여야 하며, 의제매입세액 공제대상원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종제품이 완성되는 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것입니다.(부가22601-1561, 1992.10.19.) 9. 의제매입세액 공제를 본점에서 전부 할 수 있는지 여부 제조업을 영위하는 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 당해 사업장에서 하여야 함(서삼46015-10579,2003.04.07.) 10. 사업자단위과세사업자의 부가가치세 신고시 의제매입세액공제 적용 방법 사업자단위과세사업자가 면세농산물 등 의제매입세액공제를 받을 경우 사업자 단위 과세사업자 전체의 과세표준을 한도로 세액공제를 받는 것임(사전법령해석부가2016-86, 2016.03.15.) 11. 총괄납부사업자의 의제매입세액 공제 한도액 계산 방법 의제매입세액 공제 한도액을 계산함에 있어 “해당과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”은 제조장에서 공급한 과세표준과 직매장을 통하여 판매한 과세표준을 합한 금액임(서면법규-422, 2014.04.28.)

 

■의제매입세액 계산 사례

(주)대한(조특법상 중소기업에 해당하지 아니함)은 과일도매업과 통조림 제조·판매업을 겸영하고 있다. 다음 자료에 따라 의제매입세액 공제액을 계산하라.

① 과일 매입액: 200,000,000원

사용내역	금액
판매	57,200,000
통조림 제조	61,200,000
재고	81,600,000
합계금액	200,000,000

② 해당 과세기간의 공급가액: 150,000,000원

구분	금액
과일 공급가액	60,000,000
통조림 공급가액	90,000,000
합계	150,000,000

1,200,000 + 960,000 = 2,160,000

• 사용분: 61,200,000 × 2/102 = 1,200,000

• 미사용분: 81,600.000 × 90,000,000/150,000,000 × 2/102= 960,000

 

■의제매입세액 계산 사례

개인사업자인 "갑"은 정육점과 음식점을 겸영하고 있다.

20x1년 제2기 과세기간 동안 축산물 2,000㎏를 24,400,000원("갑"이 지급한 운임 400,000원 포함)을 구입한 경우 의제매입세액 공제액 계산 방법(의제매입세액공제율 8/108을 적용)

 

① 축산물 사용내역

판매분	600kg
음식조리분	1,000kg
재고분(기초재고는 없음)	400kg

② 20×1년 2기 과세기간 공급가액 명세

• 축산물 공급가액:     12,000,000원
• 음식용역 공급가액: 40,000,000원

 

1. 의제매입세액 공제대상 원재료 가액

• 24,400,000-400,000=24,000,000

2. 의제매입세액 공제액 계산

• 음식용역에 사용된 부분: 24,000,000 × (1,000㎏/2,000kg) × (8/108) = 888,889
• 재고로 남은 부분:           24,000,000 × (400㎏/2,000㎏)     × (8/108) × 40,000,000 / 52,000,000 = 273,504
• 의제매입세액 공제액: 1,162,393원

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