6-2. 공제하지 아니하는 매입세액

부가가치세 홍보용

사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세는 원칙적으로 매출세액에서 공제하지만, 다음의 매입세액은 거래징수당한 경우에도 매출세액에서 공제하지 아니한다.(부가법 제39조)

 

1. 매입처별 세금계산서합계표 미제출 등

 

(1) 원칙: 매입세액 불공제

 

① 매입처별 세금계산서합계표를 해당 예정신고·확정신고시 또는 예정신고누락분을 확정신고시에 제출하지 아니한 경우:

• 미제출된 매입세액

② 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우:

• 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액

 

(2) 예외: 매입세액 공제 가능

 

매입처별 세금계산서합계표를 미제출 또는 기재누락 및 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하지만, 다음의 경우에는 매입세액으로 공제받을 수 있다.(부가령 제74조)

1. 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함)를 「국세기본법 시행령」 제25조 제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우
2. 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 경정하는 경우
3. 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우
4. 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우
5. 경정을 하는 경우 사업자가 발급받은 세금계산서 또는 세금계산서 발급이 가능한 사업자로부터 발급받은 신용카드매출전표 등을 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우(가산세 0.5%부과됨)
   ☞“세금계산서 발급이 가능한 사업자”란 영수증의무발급대상 일반과세자와 영수증만 발급가능한 간이과세자를 제외한 사업자를 말한다.(부가령 제88조 5항)

 

2. 세금계산서 미수취·부실기재·사실과 다른 세금계산서

 

(1) 원칙: 매입세액 불공제

 

① 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우:

• 미수취분 매입세액
  ☞세금계산서를 미수취하면서 공급대가(공급가액+부가가치세)를 지급하더라도 동 부가가치세는 공제되지 않으며, 부가가치세 없이 공급가액으로만 거래한 경우에는 당연히 공제받을 부가가치세가 없는 것이다.

② 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우:

• 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액
  ☞공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다.

여기에서 “세금계산서의 내용이 사실과 다르다”라는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고, 어느 특정 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세 관청이 부담함이 원칙이다.(감심2015-141, 2015.05.07.)

 

한편, 다음과 같은 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액이 공제되지 아니한다.

1. 甲사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받았으나 공급하는 자가 乙로 적혀있는 세금계산서를 발급받은 경우(위장세금계산서)
2. 세금계산서상의 공급가액과 부가가치세액이 재화 또는 용역을 공급받은 실제가액보다 과다하게 적힌 세금계산서를 발급받은 경우
3. 폐업자, 일부 간이과세자 등 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 세금계산서를 발급받은 경우
4. 재화 또는 용역을 실제로 공급받지 아니하고 자료상행위자 등으로부터 허위의 세금계산서를 받은 경우

☞사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 수취하는 경우에는 架空세금계산서가 되며,  공급자와 다른 사업자로부터 세금계산서를 수취하면 위장세금계산서가 된다.

사업자가 아닌 자로부터 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 수취하는 경우에는 資料商수취세금계산서가 된다.

 

 

(2) 예외: 매입세액 공제 가능

 

세금계산서의 미수취 또는 필요적 기재 부실기재 및 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하지만, 다음의 경우에는 매입세액으로 공제받을 수 있다.(부가령 제75조)

1. 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우
2. 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혀있으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우(매입세액은 공제받지만 지연수취로 가산세는 0.5% 부과)
4. 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우
5. 전자세금계산서 외의 세금계산서(종이세금계산서)로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 (법인사업자 또는 전자세금계산서 의무발급 개인사업자로부터) 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우
6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 「부가가치세법」 제51조 제1항(주사업장 총괄납부)에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자단위과세사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 재화나 용역을 실제로 공급한 사업자가 「부가가치세법」 제48조 · 제49조(일반과세자의 예정·확정 신고납부) 또는 제66조·제67조(간이과세자의 예정부과·확정 신고납부)에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고·납부한 경우
7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 어느 하나에 해당하는 경우
   
   1. ∙ 「국세기본법 시행령」 제25조 제1항에 따른 과세표준수정신고서와 「국세기본법 시행령」 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
   2. ∙ 해당 거래사실이 확인되어 부가법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(납세지 관할 세무서장등)이 결정 또는 경정하는 경우
      예를 들어 공급시기(작성일자)가 20×1.05.20․인 경우로서 20×1.06.11. ~ 20×1.07.25.사이에 20×1.05.20.을 작성일자로 하여 세금계산서를 발급받으면 매입세액공제 가능하지만 지연수취가산세(0.5%)적용한다.
      한편, 20×1.07.26. ~ 20×2.07.25.(1년 이내)에 20×1.05.20.을 작성일자로 하여 세금계산서를 발급받아 수정신고·경정청구·경정시 제출하더라도 매입세액공제는 가능하고 지연수취가산세(0.5%)는 적용한다.
      즉, 공급받는자 입장에서는 차차기 확정신고기한까지 발급받으면 매입세액공제는 가능하고 지연수취가산세(0.5%)는 적용한다.(가산세참조)
      다만, 공급자 입장에서는 확정신고기한까지 발급하면 지연발급가산세(1%)를 적용하고 확정신고기한을 넘기면 미발급가산세(2%)를 적용한다
8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 6개월 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 「부가가치세법」 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우
   ☞이는 대금수수등 요건을 충족하지 못하는 경우 공급시기특례규정(선발급세금계산서)을 적용받지 못하여 사실과 다른 선발급세금계산서로 매입세액이 불공제되는 상황이지만 선발급세금계산서의 발급일부터 6개월 이내에 원래의 공급시기가 도래하고 거래사실이 확인된다면 경정시에 매입세액은 공제받을 수 있다는 의미이다. 다만, 이 경우에도 가산세 0.5%는 적용된다.(가산세 참조)
9. 다음의 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 「부가가치세법」 제48조·제49조(일반과세자의 예정·확정 신고납부) 또는 제66조·제67조(간이과세자의 예정부과·확정 신고납부)에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
   1. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우
   2. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우
   3. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우
   4. 거래의 실질이 용역의 공급에 대한 주선·중개에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 용역의 공급에 대한 주선·중개로 하여 세금계산서를 발급받은 경우
   5. 다른 사업자로부터 사업(용역을 공급하는 사업으로 한정)을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에 포함해야 함에도 불구하고 거래당사자 간 계약에 따라 이를 공급가액에서 제외하여 세금계산서를 발급받은 경우
   6. 다른 사업자로부터 사업(용역을 공급하는 사업으로 한정)을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에서 제외해야 함에도 불구하고 거래당사자 간 계약에 따라 이를 공급가액에 포함하여 세금계산서를 발급받은 경우
10. 「부가가치세법」 제3조 제2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 ·용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 「부가가치세법」 제48조·제49조(일반과세자의 예정·확정 신고납부) 또는 제66조·제67조(간이과세자의 예정부과·확정 신고납부)에 따라 납세지관할세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
11. 「부가가치세법」 제3조 제3항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 「부가가치세법」제48조·제49조(일반과세자의 예정·확정 신고납부) 또는 제66조·제67조(간이과세자의 예정부과·확정 신고납부)에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
    ☞ 부가가치세의 납부의무자인 수탁자 또는 위탁자가 위탁자 또는 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급받은 경우에도 그 거래사실이 확인되고 부가가치세가 신고·납부된 경우에는 그 세금계산서를 근거로 매입세액공제를 할 수 있도록 함

해석사례

1. 타인명의 등록사업자에 대한 부가가치세법 적용(부가통 60-108-1) 사업자가 영 제108조 제1항에서 정하는 타인의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고·납부하여 관할세무서장 등이 경정하는 경우 그 타인명의로 발급받은 세금계산서의 매입세액은 「국세기본법」 제14조(실질과세원칙)에 따라 해당 사업자의 매출세액에서 공제하며, 이 경우 법 제60조 제1항 제2호에 따른 가산세(타인명의등록 가산세)는 적용한다. 2. 사업장을 보유한 사업자가 다른 사업장을 타인 명의로 등록한 경우 매입세액 공제 여부 부가가치세법 제60조 제1항 제2호의 타인의 명의로 같은 법 제8조에 따른 사업자등록을 하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우로서 그 타인의 명의로 등록된 사업장에서 재화 또는 용역을 공급받고 해당 사업장의 사업자등록번호가 기재된 세금계산서를 발급받은 경우에는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 발급받는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우로 보지 아니하는 것이며, 위 회신내용은 회신일 이후 경정·결정하는 분부터 적용하는 것임(기획재정부부가-519, 2017.10.12.) 3. 명의 위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정(부가통 57-103-1) 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 해당 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법에 따른 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다. 4. 중간지급조건부등의 계약의 잔금지급시 총액으로 세금계산서 교부받은 경우 공제매입세액의 계산 총합계로 교부받은 세금계산서이더라도 계약금과 중도금에 대하여는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액공제 받을 수 없는 것이나, 잔금부분에 대해서는 사실과 다른 세금계산서라 볼 수 없으므로 동 잔금에 해당되는 매입세액은 공제받을 수 있음.(조법 1265.2-1275, 82.10.29.) 5. 이전목적 부동산취득에 대하여 매입세액 공제한 후 다른 사업장으로 등록한 경우 사업자가 사업장을 이전할 목적이나 사업규모를 확장할 목적으로 다른 장소에 부동산을 취득하면서 기존사업장에서 매입세액을 공제받았으나 부득이한 사유로 사업장 이전 등을 하지 못하고 새로이 취득한 부동산을 다른 과세사업에 사용하기 위하여 사업자등록(일반과세자로 등록하는 경우에 한함)을 한 경우 기 공제받은 매입세액은 영향을 미치지 아니하는 것임(서면3팀-725,2007.03.07.) 6. 대가 지급과 교부시기가 달라도 세금계산서 교부시기가 공급시기임 용역에 대한 대가의 일부를 미리 지급한 후 그 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부받은 경우로서 용역에 대한 일부 대가 지급시기와 세금계산서 교부시기가 과세기간이 다르다 하여도 세금계산서 교부가 이루어진 시기를 공급시기로 보아 매입세액공제를 할 수 있는 것임(심사부가2014-187, 2015.03.24.) 7. 공급시기가 도래하기 전에 건설용역에 대한 대가를 전혀 지급하지 아니하고 세금계산서를 교부받은 경우에는 당해 용역과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임 사업자가 공급시기 (05년 1기분)가 도래하기 전에 건설용역에 대한 대가를 전혀 지급하지 아니하고 세금계산서를 교부받은 경우에는 당해 용역과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다. 다만, 계약 등 당해 거래에 대한 공급시기가 도래하여 세금계산서를 적법하게 교부받은 경우에는 매입세액공제가 가능한 것입니다.(재소비-36, 2006.01.11.) 8. 신설사업장 관련 매입세액의 기존사업장에서 공제할 수 있는 범위 ∙ 법인사업자는 기존사업장에서 공제가능하다 ∙ 개인사업자는 업종이 같으면 기존사업장에서 공제가능하고, 다르면 기존사업장에서 공제 불가 9. 개인사업자의 신설사업장에 대한 매입세액 공제 여부 서울에서 다방업을 영위하는 개인사업자가 대전에 제조장을 신설하는 경우 신설제조장의 건설과 관련된 매입세액은 공제받을 수 없음(재소비22601-94, 1988.02.01.) 10. 부가가치세법에의 저촉 여부(공급가액 과다기재분 매입세액불공제) 건설업자가 하도급 건설용역을 제공받고 세금계산서를 교부받음에 있어서 교부받은 세금계산서의 공급가액이 실제적인 거래금액보다 과다하게 기재된 경우 당해 과다기재분에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이며, 또한 이 경우 동법 제22조 규정의 가산세가 적용되는 것입니다.(부가46015-1708, 1998.07.28.) 11. 수탁자가 위탁자를 공급받는 자로 하여 발급받은 세금계산서로 매입세액 공제할 수 있는지 여부 사업자(「신탁법」상 위탁자, 이하 “위탁자”)가 2022.01.01. 이후 신탁회사(이하 “수탁자”)와 자기의 신탁재산을 수탁자에게 신탁하고 수탁자는 이를 인수하여 관리, 처분 및 임대함을 목적으로 하는 차입형 토지신탁계약을 체결하면서, 위탁자가 2022.01.01. 전에 용역업체와 체결한 계약에 따라 위탁자를 공급받는 자로 하여 발급받은 세금계산서의 부가가치세액은 「부가가치세법」 제39조에 따라 수탁자의 매입세액에서 공제할 수 없는 것입니다.(사전법규부가2022-262,2022.03.20.) 12. 지연수취한 세금계산서의 작성 연월일과 실제 공급시기가 다른 경우 매입세액 공제 여부(기획재정부부가-455, 2021.10.18.) ∙ 납세자가 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 6개월(2022.02.17.이후 1년) 이내에 공급시기를 작성연월일로 하는 세금계산서를 발급받아 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 과세표준수정신고서와 경정청구서와 함께 제출하는 경우 해당 세금계산서 상의 매입세액은「부가가치세법 시행령」 제75조 제7호 가목에 따라 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것임 ∙ 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기를 착오하여 착오한 공급시기를 작성연월일로 하는세금계산서를 발급받아 부가가치세를 신고한 경우 세금계산서 발급일이 재화 또는 용역의실제 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 6개월(2022.02.17.이후 1년) 이내이고 납세지 관할 세무서장 등이 거래사실을 확인하여 결정 또는 경정하는경우 해당 세금계산서 상의 매입세액은「부가가치세법 시행령」 제75조 제7호 나목에 따라 실제 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제를 받을 수 있는 것임 13. 지연수취한 세금계산서의 작성연월일과 실제 공급시기가 다른 경우 매입세액 공제여부 등 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터6개월 이내에 작성 연월일이 실제 공급시기와 같은 과세기간으로 기재된 세금계산서를 발급받아 과세표준수정신고서 또는 경정청구서와 함께 제출하거나 거래사실이 확인되어 납세지관할세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우 해당 세금계산서상의 매입세액은 「부가가치세법 시행령」 제75조 제7호에 따라 실제 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이며, 해당 세금계산서의 작성연월일을 착오로 기재하여 발급한 것인 경우 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있으며(단, 과세관청으로부터 세무조사의 통지 등을 받은 경우 등 과세관청이 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리알고 있는 경우 제외) 작성연월일이 착오로 기재되었는지 여부는 사실판단할 사항입니다.(서면법령해석부가2020-1202, 2021.06.10.)

 

선발급세금계산서와 매입세액공제

㈜대한은 20×1.04.10.에 ㈜민국과 재화의 공급계약을 체결한 후 20×1.05.30. 대가를 수수하고, 20×1.09.30. 재화를 인도한 경우로서 다음과 같이 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한과 ㈜민국의 부가가치세법상 처리는? 단, 30일 이내 대금청구요건은 없다고 가정한다. ▶ ㈜대한이 20×1.04.10.를 작성연월일로 하여 20×1.05.10.까지 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • 세금계산서 발급일(4.10.)부터 7일(4.17.) 이내 대가를 받지 못하였으로 선발급세금계산서로 불인정 • 세금계산서불실기재가산세(1%) 적용 ㈜민국 • 선발급세금계산서로 불인정되므로 매입세액 불공제 ▶ ㈜대한이 20×1.05.25.를 작성연월일로 하여 20×1.06.10.까지 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • 세금계산서 발급일(5.25.)부터 7일(6.01.) 이내인 5.30.에 대가를 받았으므로 선발급세금계산서로 인정 ㈜민국 • 선발급세금계산서로 인정되므로 매입세액 공제 ▶ ㈜대한이 20×1.06.30.를 작성연월일로 하여 20×1.07.10.까지 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • (원래의)공급시기인 9.30.전인 5.30.에 대가를 수수하고 6.30.자로 세금계산서를 발급하였으므로 선발급세금계산서로 인정 ㈜민국 • 선발급세금계산서로 인정되므로 매입세액 공제 ▶ 대한이 20×1.08.31.를 작성연월일로 하여 20×1.09.10.까지 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • (원래의)공급시기인 9.30. 전인 5.30.에 대가를 수수하고 8.31.자로 세금계산서를 발급하였으므로 선발급세금계산서로 인정 ㈜민국 • 선발급세금계산서로 인정되므로 매입세액 공제(대가 수수와 공급시기의 과세기간이 달라도 공제가능) ▶ ㈜대한이 20×1.09.30.를 작성연월일로 하여 20×1.10.10.까지 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • (원래의) 공급시기에 세금계산서 발급 ㈜민국 • 정상적으로 세금계산서를 수취하였으므로 매입세액 공제 ▶ ㈜대한이 20×1.09.30.를 작성연월일로 하여 20×1.10.11.~20×2.01.25.사이에 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • 세금계산서 지연발급으로 지연발급가산세(1%) 부과 ㈜민국 • 세금계산서를 지연수취하였지만 매입세액은 공제하며, 지수취가산세(0.5%) 부과 • 만약 종이세금계산서를 수취시에는 가산세 없음(공급자는 가산세 1% 부과) ▶ ㈜대한이 20×1.09.30.를 작성연월일로 하여 20×2.01.25. 이후에 세금계산서를 발급한 경우 ㈜대한 • 세금계산서 미발급으로 미발급가산세(2%) 부과 ㈜민국 • 원칙: 세금계산서 미수취로 매입세액불공제(가산세 없음) • 예외: 수정신고 · 경정청구 · 경정시 ㈜대한으로부터 20×1.09.30.를 작성연월일로 하여 20×3.01.25. (1년 이내)까지 세금계산서를 발급받는 경우 매입세액 공제 가능 (이 경우에는 지연수취가산세(0.5%) 부과)

 

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

사업과 직접 관련 없는 지출로서 다음과 같은 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다.(부가령 제77조)

이러한 사업과 직접 관련이 없는 지출의 구체적인 범위는 소득령 제78조 또는 법인령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

1. ① 사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 관련된 매입세액
2. ② 사업자가 직접 사용하지 아니하고 타인(개인의 경우 종업원 제외, 법인의 경우 비주주임원과 소액주주임원 및 사용인은 제외)이 주로 사용하는 장소, 건물, 물건 등의 유지관리 및 사용에 관련된 매입세액
3. ③ 사업자의 출자자(소액주주 제외)나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지관리 및 사용에 관련된 매입세액
4. ④ 공동비용 중 해당 사업자가 분담비율을 초과하여 지출하는 비용에 대한 매입세액

 

해석사례

1. 국가·공익단체 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제(부가집 38-0-4) 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가·지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가·지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다. ☞ 의류제조업자가 공익단체에 수재의연금품을 기증하는 방법에 따른 부가가치세 과세 및 매입세액 공제여부 • 자기가 만든 옷을 기증하는 경우 매출은 부가가치세법 제26조 제1항 제20호에 따라 부가가치세가 면제되고, 사업과 관련이 있으므로 원단 등의 매입에 대한 매입세액은 공제된다. • 생수, 라면 등을 구입하여 기증하는 경우 매출은 면세되나, 라면, 생수 등을 매입할 때에 부담한 매입세액은 공제되지 아니한다. 2. 골프회원권 취득시 매입세액공제 여부 사업자가 골프회원권을 취득한 경우, 그 회원권의 사용실태 등을 고려하여 사업상 종업원의 복리후생을 목적으로 취득한 때에는 매입세액공제가 가능한 것이나, 거래처 등을 접대하기 위하여 취득한 경우에는 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의하여 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 공제되지 아니하는 것입니다.(서면3팀-721, 2005.05.26.) 3. 쟁점골프회원권의 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부 청구법인은 부동산 등 투자업을 목적으로 설립된 법인인 점, 청구법인은 프로골프선수에게 후원금을 지급하는 등 골프사업에 대한 투자를 한 점, 이사회 회의록에 투자목적으로 취득하는 것으로 기재되어 있고 결산서에 재고재산으로 계상되어 있는 점, 쟁점골프회원권은 청구법인이 보유한 기간 중에 한번도 사용한 적이 없는 것으로 나타나고 대표자 개인은 별도의 회원권을 소유하고 있는 점 등으로 보아 쟁점골프회원권은 투자를 목적으로 취득한 자산으로서 사업과 관련이 있어 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 보이므로 처분청이 매입세액을 불공제하여 경정청구를 거부한 처분은 취소하여야 할 것으로 판단된다. (조심2011서3805, 2012.02.10.) 4. 유가증권인수관련 매입세액 공제여부 부가가치세가 과세되는 사업(원양어선 채포 수산물 수출, 식품가공사업)과 면세되는 사업(어획물을 가공하지 않은 상태로 국내에 판매)을 겸영하는 사업자가 채포한 어획물을 활용할 수 있는 식품회사(과세사업자)의 지분을 인수하는 과정에서 지급한 중개수수료 관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의거 매출세액에서 공제하지 않는 것임(재소비-1349, 2004.12.13.) 5. 과세사업을 위한 타사 주식취득과 관련된 금융자문수수료의 매입세액 공제 여부 사업자가 자기의 과세사업 확장을 통해 시장지배를 강화할 목적으로 타법인 주식취득과 관련하여 외부업체로부터 금융자문용역을 제공받고 자문수수료를 지급하면서 부담한 부가가치세액은 부가가치세법 제38조 제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임(기준법령해석부가2019-479, 2019.07.11.) 6. 기업인수목적회사의 세무자문수수료 관련 매입세액 공제 여부 자본시장과 금융투자에 관한 법률 시행령 제6조 제4항 제14호에서 규정하는 기업인수목적회사에 해당하는 신청인이 다른 법인과 합병하기 전까지 재화 또는 용역을 공급하지 아니하면서 세무자문수수료, 외부회계감사보수를 지급하고 발급받은 세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것입니다.(법규부가2010-171, 2010.06.28.) 7. 쟁점 자문수수료를 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 처분의 당부 처분청은 청구법인이 상환전환우선주를 발행한 것은 특정사업이 아니라 재무구조의 개선을 위한 것이므로 쟁점자문수수료는 사업과 직접 관련이 있는 지출로 볼 수 없다는 의견이나, 사업 관련성의 유무는 지출이 그 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 사업수행에 필요한 것이었는지를 살펴서 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2013.05.09. 선고 2010 15902 판결 참조)인 바, 금융자문용역의 사업 관련성 여부는 그 결과로 조성되는 자금의 성격과 이를 정하는 사용용도에 따른다고 할 것이므로 조성된 자금이 사업활동에 사용되었다면 사업 관련성이 없다고 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2016중3427, 2017.02.14., 같은 뜻임). 청구법인은 위와 같이 재무구조의 개선, 국내외 사업의 원활한 수행, 대외 신인도 제고를 위하여 상환전환우선주를 발행하였고 이를 통하여 조성한 자금을 공사외주비로 사용한 것으로 나타나므로 쟁점자문수수료는 청구법인의 사업과 직접 관련이 있는 지출로 보는 것이 타당하다고 판단된다.(조심2017층1055, 2017.05.10.) 8. 이동통신 판매대리점이 고객의 위약금 가입비를 이동통신사에 대납하고 이동통신사로부터 받은 신용카드매출전표상 매입세액 공제가능 여부 청구인은 쟁점대납액은 사업과 직접 관련되는 비용이므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 쟁점대납액은 재화의 거래가 아닌 고객의 채무를 대신 변제해준 성격으로 재화·용역을 공급받고 신용카드매출전표를 발급받은 것으로 보기 어려운 점, 이동전화서비스의 용역을 공급받는 자는 고객인데도 청구인이 고객의 지위에 있지도 않으면서 이 사건 가입비 등을 자신의 신용카드로 대신 결제하면서 거래징수당한 매입세액은 용역을 공급받은 거래당사자가 아닌 자의 것으로서 용역의 공급받는 자 등이 사실과 다른 경우에 해당하는 점, 국세청장의 최근 해석에 따르면 청구인에게 어떠한 신뢰가 형성되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이동통신 판매점을 운영하는 청구인이 고객이 납부하여야 할 위약금 및 가입비 등을 청구인의 신용카드로 결제하면서 발급받은 신용카드매출전표에 기재된 부가가치세를 매입세액 공제대상에 해당되지 않는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(조심2016중2044,2016.08.11.) 9. 유상증자 관련비용의 매입세액 공제 여부 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 법인이 과세사업 확장 및 설비투자에 필요한 자금을 조달할 목적으로 유상증자를 하면서 외부업체로부터 법률자문 및 컨설팅자문용역을 공급받고 수수료를 지급한 경우로서 해당 자문용역이 자기의 과세사업과 직접 관련된 경우 수수료에 대한 매입세액은 「부가가치세법」 제38조에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.(기준법령해석부가2021-112,2021.06.23.) 10. 사업장 수용 보상금과 관련하여 소송을 진행하는 경우 소송비용 관련 매입세액 공제 여부 제조업 및 부동산임대업을 영위하는 사업자가 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발정비사업지구 내 소재한 사업장이 같은 법에 따라 수용되었으나 그 보상가격에 이의가 있어 정비사업조합과 사업시행인가무효확인소송 및 명도소송을 진행하며 지출한 소송비용 관련 매입세액은 「부가가치세법」 제39조 제1항에 따라(사업과 직접 관련이 없는 지출분) 공제하지 아니하는 것임(서면법령해석부가2020-6271, 2021.05.13.)

 

4. 비영업용 소형승용자동차 구입 · 임차 유지에 관한 매입세액

 

「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

그러나 다음의 업종에 직접 영업에 사용되는 것은 매입세액으로 공제할 수 있다.

• ① 운수업
• ② 자동차 판매업
• ③ 자동차 임대업
• ④ 운전학원업
• ⑤ 「경비업법」제2조 제1호 라목에 따른 기계경비업무를 하는 경비업. 이 경우 자동차는「경비업법」 제16조의3에 따른 출동차량에 한정하여 적용한다.
• ⑥ ①부터 ⑤까지의 업종과 유사한 업종

 

해석사례

1. 영업용이 아닌 업무용으로 사용한 소형승용자동차 관련 매입세액은 불공제 대상이며 과도한 재산권 침해나 조세평등주의에 위배되지 않음(대법원 2014두46430, 2016.03.24.) 소형승용자동차는 사업자가 사업용으로 매수하더라도 이를 전적으로 업무에만 사용하는 경우는 드물고, 사업용으로 사용되는 비율보다 직원의 개인적 용도로 사용되는 비율이 높은 경우도 적지 않으며, 업무용으로 취득한 소형승용자동차가 사업용과 개인용으로 혼용된다고 하더라도 각 용도에 사용된 비율을 측정하는 것이 매우 어렵고, 사용용도를 하나하나 따져 과세하는 것은 과세기술상 어려울 뿐 아니라 세무행정의 한정된 자원을 고려할 때 매우 비효율적이므로, 사업관련성이 확실한 영업용 소형승용자동차만 그 구입과 임차 및 유지에 관련된 매입세액을 공제하고 이에 해당하지 않는 소형승용자동차는 매입세액을 불공제하는 이 사건 법률조항이 과도하게 재산권을 침해한다고 보기 어렵다. 또 부가가치세 납세의무자가 아닌 일반 소비자는 이 사건 법률조항 적용에 있어 사업자와 비교 가능한 집단이 아니고, 동일한 차량이라도 거래 대상으로서의 자동차가 매입할 때와 매각할 때에 반드시 조세법적으로 동일한 의미를 가지는 것은 아니어서 비영업용 소형승용자동차를 매입할 때와 매각할 때에 부가가치세를 달리 취급한다고 하여 부당하다고 할 수 없으므로, 이 사건 법률조항은 조세평등주의에 위배되지도 않는다(헌법재판소 2015.12.23. 선고 2014헌바467 결정 참조). 2. 불공제 승용자동차의 범위(부가집 39-78-1) 「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차 즉, 개별소비세가 과세되는 승용자동차를 말한다. 3. 비영업용 소형승용자동차 전용주차장의 임차료 및 주차료 관련 매입세액 사업자가 임차하여 사용하는 비영업용소형승용차 전용주차장의 주차임차료, 주차장관리용역비에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임(부가22601-290, 1989.02.28.) 4. 매입세액공제 가능 여부 렌트카를 영위하는 자로부터 승용차를 임차하여 업무용으로 이용하는 경우 그 대가를 지급하고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제하지 아니하는 것임(서면3팀-110, 2004.01.27.) 5. 렌트차량을 재임대하는 경우 매입세액공제 여부 사업자가 자동차대여업자로부터 비영업용소형자동차를 임차하여 당해 차량을 타인에게 대여하고 그 대가를 지급받는 경우 자동차대여업자로부터 차량을 임차하면서 교부받은 세금계산서상 세액은 매출세액에서 공제가능한 것임(부가-773, 2014.09.11.) 6. 비영업용소형승용자동차의 대리운전용역을 제공받은 경우 매입세액 공제여부 사업자가 개별소비세가 과세되는 소형승용자동차(법인 소유 차량 또는 종업원 소유 차량)의 유지를 위하여 대리운전업체로부터 대리운전용역을 제공받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제하지 아니하는 것임(부가-870, 2009.06.25.) 7. 자동차 정비업자가 구입한 배기량 2,000cc승용자동차의 매입세액 공제 해당 여부 자동차정비업은 「부가가치세법 시행령」 제19조에 따른 운수업 등과 업종이 유사한 업종에 해당하지 아니하므로, 해당 업종을 영위하는 자가 구입하는 승용자동차는 매입세액 공제 대상에 해당하지 아니함(법규부가2014-480, 2014.10.22.) 8. 내방고객의 주차료를 지급한 경우 매입세액 공제여부 사업자가 자기의 고객을 위하여 임차하여 사용하는 주차장의 임차료에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되며, 다만 사업자가 회사업무용으로 사용하는 비영업용 소형승용자동차를 주차하는 주차장임차료에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니함(서면3팀-2219, 2006.09.21.) 9. 소형승용자동차의 임차 및 유지 관련 비용이 매입세액공제 대상인지 여부 사업자가 자동차 판매사에 자동차 테스트 용역 및 신차 시승회·발표회등 행사 대행 용역을 제공하기 위하여 소형승용자동차를 임차하고 관련 유지비용 등을 지출하는 경우 관련 매입세액은 공제하지 아니함(서면법령해석부가2019-10, 2020.01.31.) ☞ 한국표준산업분류에 따르면 수입자동차 판매사와의 위탁계약에 따라 차량을 테스트하고 시승회, 발표회 등 행사를 대행하는 용역은 기술서비스업 및 사업지원 서비스업에 해당하여 부가가치세법 시행령 제19조에 열거된 업종 및 이와 유사한 업종에 포함되지 아니하므로 법인이 소형승용자동차를 자기사업을 위하여 직접 사용한다 하더라도 관련 매입세액은 공제되지 아니하는 것임

 

개별소비세법 및 자동차관리법 상 자동차

1. 개별소비세법 별표1 과세물품 중 자동차(별표1에서 개별소비세법상 과세물품인 자동차의 범위를 구체적으로 열거하고 있음) 가. 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 승용자동차로 구분되는 자동차(정원 8명 이하의 자동차로 한정하되, 배기량이 1,000씨씨 이하의 것으로서 길이가 3.6미터 이하이고 폭이 1.6미터 이하인 것은 제외) 나. 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 이륜자동차로 구분되는 자동차(내연기관을 원동기로 하는 것은 그 총배기량이 125씨씨를 초과하는 것으로 한정하며, 내연기관 외의 것을 원동기로 하는 것은 그 정격출력이 1킬로와트를 초과하는 것으로 한정). 다만, 국방용 또는 경찰용으로서 해당 기관의 장이 증명하는 것은 제외한다. 다. 「자동차관리법」 제29조 제3항에 따른 캠핑용자동차로 구분되는 자동차(캠핑용 트레일러를 포함) 라. 「환경친화적 자동차의 개발 및 보급촉진에 관한 법률」 제2조 제3호 또는 제6호에 따른 전기자동차 또는 수소전기자동차로서 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 승용자동차로 구분되는 자동차(정원 8명 이하의 자동차로 한정하되, 길이가 3.6미터 이하이고 폭이 1.6미터 이하인 것은 제외)

2. 「자동차관리법」 3조 ① 자동차는 다음 각 호와 같이 구분한다.    1. 승용자동차: 10인 이하를 운송하기에 적합하게 제작된 자동차      2. 승합자동차: 11인 이상을 운송하기에 적합하게 제작된 자동차.       다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자동차는 승차인원에 관계없이 이를 승합자동차로 본다.           가. 내부의 특수한 설비로 인하여 승차인원이 10인 이하로 된 자동차           나. 국토교통부령으로 정하는 경형자동차로서 승차인원이 10인 이하인 전방조종자동차    3. 화물자동차: 화물을 운송하기에 적합한 화물적재공간을 갖추고, 화물적재공간의 총적재화물의 무게가 운전자를 제외한 승객이 승차공간에 모두 탑승했을 때의 승객의 무게보다 많은 자동차    4. 특수자동차: 다른 자동차를 견인하거나 구난작업 또는 특수한 작업을 수행하기에 적합하게 제작된 자동차로서 승용자동차·승합자동차 또는 화물자동차가 아닌 자동차    5. 이륜자동차: 총배기량 또는 정격출력의 크기와 관계없이 1인 또는 2인의 사람을 운송하기에 적합하게 제작된 이륜의 자동차 및 그와 유사한 구조로 되어 있는 자동차 ②제1항에 따른 구분의 세부기준은 자동차의 크기 · 구조, 원동기의 종류, 총배기량 또는 정격출력 등에 따라 국토교통부령으로 정한다. ③ 제1항에 따른 자동차의 종류는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 세분할 수 있다.

 

5. 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액

 

접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령(부가령 제79조)으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

이러한 접대비 및 이와 유사한 비용은 「소득세법」 제35조 및 「법인세법」 제25조의 규정에 의하도록 하고 있는 바, “접대비”란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액을 말한다.(법인법제25조)

 

해석사례

1. 사업자가 종업원 복지후생용으로 사용한 재화의 매입세액 사업자가 자기의 사업과 관련하여 사업장 내에서 복지후생 목적으로 사용·소비하기 위하여 자기의 사용인에게 무상으로 공급하는 작업복, 작업모, 작업화, 면장갑, 음식물에 대하여는 매입세액이 공제되는 것이며, 이 경우 복지후생 목적의 범위는 소득세법 시행령 제8조 및 제12조의2와 법인세법 시행령 제45조의 규정에 의하는 것임(부가1265-2266, 1982.08.30.) 2. 직원야유회 관련 매입세액 등 공제여부 사업자가 직원들의 사기진작과 복리를 위하여 야유회 등을 개최하고 그 비용에 대한 세금계산서를 발급받은 경우 소득세법 제50조(현행 제35조) 및 법인세법 제18조의2(현행 제25조)에 규정하는 접대비 및 이와 유사한 비용에 포함하지 아니하며, 법인세법 시행령 제13조(현행 제45조)의 복리후생비로서 매입세액을 공제한다.(부가46015-1563, 1997.07.11.) 그러나 야유회, 회사창립기념일, 종업원생일 등과 관련하여 종업원 각자가 개인적인 목적으로 사용토록 주는 재화(시상품 등)는 간주공급(개인적 공급)에 해당하여 부가가치세가 과세된다. 3. 접대비, 광고선전비, 판매부대비용의 구분(법인집 25-0-4) ① 지출의 상대방이 사업에 관련있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의해 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는데 있는 것이라면 접대비 ② 지출의 상대방이 불특정 다수인이고 지출의 목적이 구매의욕을 자극하는데 있는 것이라면 광고선전비 ③ 지출의 성질, 액수 등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면 판매부대비용

 

6. 면세사업등에 관련된 매입세액 (면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함)과 토지에 관련된 매입세액

 

(1) 면세사업등 관련 매입세액

 

• 면세사업은 「부가가치세법」제26조 및「조세특례제한법」제106조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말하며, 사업이란 재화나 용역을계속적·반복적으로 공급하는 것이므로 결국 면세사업은 부가가치세가 면제되는 재화 또는용역을 계속적이고 반복적으로 공급하는 사업을 말한다.
• 따라서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 일시적·우발적으로 공급하는 경우에는 면세사업이 아니다.
• 부가가치세가 면제되는 재화·용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 사업 포함)에 관련된 매입세액(면세사업을 영위하기 위한 투자에 관련된 매입세액 포함)은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
• 이러한 면세사업자가 부담한 공제하지 아니하는 매입세액은 자기 사업의 손금이나 필요경비로 계상하거나 그 자산의 원가에 산입하면 된다.

 

(2) 토지 관련 매입세액

 

토지에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 토지의 조성 등을 위한자본적 지출에 관련된 매입세액은 다음의 어느 하나에 해당하는 매입세액으로 한다.

1. ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
    “토지만을 사용하는 경우”에는 취득한 건축물을 철거하고 주차장, 야적장 등으로 사용하는 경우뿐만 아니라 타인으로부터 취득한 건축물을 철거하고 새로운 건물을 신축하는 경우도 포함된다.
3. ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

 

 

해석사례

1. 금융자문수수료 관련 매입세액이 토지관련 매입세액인지 여부 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니함(조심2008서226, 2008.06.25.) 2. 무상 제공하는 음식용역 관련 매입세액 공제여부 공장·광산·건설사업장 및 「자동차운송사업법」(현행 여객자동차운수사업법)에 의한 자동차운송사업자 중 노선여객운송자의 사업장과 「교육법」 제81조(현행 초·중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조)의 규정에 의한 각급 학교의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 당해 사업장 등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 유상으로 공급하는 음식용역에 관련하여 발생하는 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호(현행 제6호)에 따라 매출세액에서 공제되지 아니 하는 것이나, 음식용역이 무상으로 공급되어 부가가치세법 제7조 제2항 및 동법시행령 제19조에 따른 용역의 자가공급에 해당하는 경우에는 당해 음식용역에 관련하여 발생하는 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것임 (부가 22601-855, 1990.07.05.) 3. 면세포기 한 사업자의 매입세액 공제(부가통 38-0-1) 수산업 등 면세사업을 영위하는 사업자가 법 제28조 제1항에 따라 면세포기를 하는 경우에 면세포기한 사업에 대하여 해당 과세기간에 영세율이 적용되거나 부가가치세가 면제되는 재화·용역의 공급이 없는 때에도 그 과세기간의 면세포기사업과 관련된 매입세액은 법 제38조에 따라 공제한다. 다만, 면세포기한 사업에 대하여 해당 과세기간에 면세되는 재화의 공급만이 있는 경우에는 법 제39조 제1항 제7호에 따라 공제하지 아니한다. 4. 자본금 증자관련 법무사비용 부가가치세 공제가능 여부 사업자가 자기의 사업에 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 관한 부가가치세액은 매출세액에서 공제되는 것이나, 자금조달 목적으로 유상증자하면서 용역을 공급받은 경우에는 과세사업과 직접 관련된 것으로 보지 아니하므로 매입세액 불공제되는 것임(국세청 상담사례 2018.08.23.) ☞공제 가능한 것으로 판단되는 최근 예규(기준법령해석부가2021-112, 2021.06.23.)가 있다. 5. 신주인수권부사채 발행과 관련하여 제공받은 자문용역 관련 매입세액 공제 여부 신주인수권부사채를 발행하기 위하여 증권회사로부터 자문용역을 제공받고 발급하는 세금계산서 관련 매입세액은 불공제 대상임(법규부가2010-394, 2011.02.12.) 6. 토지 관련 매입세액의 범위(부가집 39-80-1) ① 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지 관련 매입세액을 예시하면 다음과 같다.   ∙ 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액   ∙ 토지의 취득을 위한 직접적인 비용으로 발생한 매출주선 수수료 등 토지의 취득에 소요된 것이 명백한 대출금 관련 매입세액   ∙ 사업자가 금융자문용역을 공급받고 발급받은 세금계산서상의 매입세액 중 토지의 취득과 관련된 매입세액   ∙ 공장건물 신축을 위하여 임야에 대지조성공사를 하는 경우 해당 공사비용 관련 매입세액   ∙ 토지의 조성과 건물·구축물 등의 건설공사에 공통으로 관련되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 총공사비(공통비용 제외)에 대한 토지의 조성 관련 공사비용의 비율에 따라 계산한 매입세액   ∙ 토지의 취득을 위하여 지급한 중개수수료, 감정평가비, 컨설팅비, 명의이전비용에 관련된 매입세액   ∙ 과세사업을 하기 위한 사업계획 승인 또는 인·허가 조건으로 사업장 인근에 진입도로를 건설하여 지방자치단체에 무상으로 귀속시킨 경우 진입도로 건설비용 관련 매입세액 ② 토지 관련 매입세액으로 보지 않는 매입세액은 다음과 같다.   ∙ 공장 또는 건물을 신축하면서 건축물 주변에 조경공사를 하여 정원을 만든 경우 해당 공사 관련 매입세액   ∙ 과세사업에 사용하기 위한 지하건물을 신축하기 위하여 지하실 터파기에 사용된 중기 사용료, 버팀목 및 버팀 철근 등에 관련된 매입세액   ∙ 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도, 맨홀 등) 공사 관련 매입세액   ∙ 공장 구내의 토지 위에 콘크리트 포장공사를 하는 경우 해당 공사 관련 매입세액   ∙ 과세사업에 사용하여 오던 자기 소유의 노후 건물을 철거하고 신축하는 경우 해당 철거비용과 관련된 매입세액 7. 임차한 토지에 대한 토지조성공사 관련 매입세액공제 여부 임차인이 임차한 토지에 토지조성공사를 함에 따라 토지의 가치가 현실적으로 증가한 경우 임차인이 토지소유주에게 토지조성용역을 공급한 것으로 보아 해당 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되며, 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것임(서면부가20171041, 2017.04.25.) 8. 건물 신축을 위한 기존 건물의 매입 및 철거 관련 매입세액(토지의 취득) ∙ 재무제표에 계상되어 있는 토지에 대한 자본적 지출관련 매입세액은 불공제 ∙ 재무제표에 계상되어 있지 않은 토지(임차 토지)에 대한 자본적 지출관련 매입세액은 공제 9. 인허가조건으로 기부채납하는 시설에 관련된 매입세액의 공제 여부 사업자가 부가가치세가 과세되는 주택(도시)개발사업을 수행하기 위해 기반시설 등을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우, 자기사업과 관련이 있는 것으로 보아 동 시설의 건설과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임. 다만, 당해 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 같은 법 같은 조 제2항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임(재부가-534, 2007.07.13.) 10. 골프장 진입도로를 건설하여 자치단체에 무상 귀속시킨 경우 진입도로의 부지매입비용 및 도로개설비용은 골프장 부지에 대한 자본적 지출임(대법원2006두5502, 2008.04.11.) 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하고, 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 의하여 이용 편의를 제공받는 토지의 효용가치를 증가시키는 데에 기여한다고 할 것이다. 따라서 토지의 이용 편의를 위하여 해당 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 해당 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 해당 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 할 것이고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 달리 볼 것은 아님 11. 도시계획용역료 관련 매입세액 공제 가능 여부 보유토지를 개발하여 골프장운영업과 숙박시설운영업을 영위하고자 도시계획 관련 용역수행계약(도시기본계획 반영, 도시관리계획 확정, 각종 영향평가 수행, 사업계획의 승인)을 체결하고 그 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 부가가치세법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의한 토지관련 매입세액에 해당하는 것임(재소비-1082, 2004.09.30.) 12. 재건축사업관련 용역비의 매입세액 공제가능 여부 재건축조합이 기존건축물의 철거여부를 진단하고 지급하는 안전진단용역비 및 조합원 토지지분을 조합명의로 신탁등기하고 법무사에게 지급하는 수수료, 교통영향평가 용역수수료의 지출과 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당함(재소비-192,2005.02.21.) 13. 교통영향평가 용역비 매입세액공제 가능 여부 토지의 조성이 완료된 한국토지공사의 토지를 분양받아 과세사업에 사용될 건물을 신축하는 것과 관련하여 지출하는 교통영향평가 용역비는 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 따라 매출세액에서 공제되는 것임(재부가-421, 2007.06.01.) 14. 골프장을 개장하기 전에 골프코스를 유지.관리하는 데 지출하고 자산으로 계상한 관리비와 골프코스 주변에 조경목 등을 식재한 것이 토지의 조성 등과 관련된 자본적지출인 지의 여부 골프장 내의 코스조성과 관련된 공사는 토지의 조성을 위한 흙파기 및 성토와 홀 내·외부, 훼어웨이 및 법면 등 골프코스 내의 잔디 및 화목류 식재공사로서 이들 공사들은 토지와 구별되는 구축물 공사로는 볼 수 없다 할 것이므로 토지에 대한 자본적 지출과 관련된 공사로 보는 것이 타당하다 할 것임(국심2000중2524, 2001.04.03.)(국심1998경2333, 1999.08.10. 외 다수 같은 뜻임) 15. 자체 골프장공사와 관련하여 발생하는 공통경비의 매입세액 공제방법 사업자가 골프장운영업을 영위하기 위하여 골프장을 건설함에 있어 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액(토지관련 매입세액)은 실지귀속에 의하여 구분하는 것이며, 토지의 조성과 건물·구축물 등의 건설공사에 공통으로 관련되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(귀 질의의 경우 현장관리비 관련 매입세액 등) 중 토지관련 매입세액은 총공사비(공통비용 제외)에 대한 토지의 조성에 관련된 공사비용의 비율에 의하여 계산하는 것(746015-1810, 2000.07.26.) 16. 건축물의 철거와 관련된 명도비용의 매입세액 공제 가능 여부 「도시및주거환경정비법」에 의한 도시환경정비사업시행자가 건축물을 신축하기 위하여 정비구역 내의 건축물이 있는 토지를 취득하고 그 건축물을 철거하는 경우 그 건축물의 철거와 관련된 명도비용은 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임(기획재정부부가-407, 2008.10.16.) 17. 면세사업에 사용하던 건물을 과면세 겸영사업장의 신축을 위해 철거하는 경우 당해 철거비용 관련 매입세액의 공제여부 과·면세 겸영사업장으로 사용할 건물을 신축하기 위하여 면세사업장으로 사용하던 기존 건물을 철거하는 경우 당해 철거비용 관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것이며, 이 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 해당하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항 각호에서 정하는 방법에 따라 안분 계산하는 것임(법규부가-214, 2009.06.15.) 18. 담장 및 구축물 등이 부가가치세가 면제되는 토지의 범위에 포함되는지 여부 담장(철망펜스, 벽돌타일), 도로, 주차장, 연못 및 조경시설, 전기지중화시설, 조경수 등은 부가가치세가 면제되는 토지에 해당하지 아니하는 것임(사전법령해석부가2015-22454, 2015.04.21.) 19. 진입도로 개설 및 포장(개선) 관련 매입세액이 토지관련 매입세액인지 여부 사업자가 토지 위에 진입도로 공사를 하고 이와 관련된 비용이 토지와 구분되는 감가상각대상자산인 별도의 구축물에 해당되는 경우 당해 비용에 대한 매입세액은 토지에 관련된 매입세액에 해당하지 아니하는 것이며 진입도로 공사비용이 별도의 구축물에 관련된 자본적 지출인지 여부는 공사내용 등 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단할 사항임(기획재정부부가-161, 2015.02.24.) 20. 지자체 기부채납 진입도로 건설관련 비용의 매입세액 공제 여부 질의에 대한 회신 사업자가 과세사업을 하기 위한 사업계획 승인 또는 인·허가 조건으로 사업장 인근에 진입도로를 건설하여 지방자치단체에 무상으로 귀속시킨 경우 진입도로 건설비용 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제하지 아니하는 것입니다.(기획재정부부가-801, 2011.11.23.)

 

토지관련 매입세액 사례문제

1. 부동산을 10억원(건물: 6억원, 토지: 4억원)에 취득하면서 중개수수료 10,000,000원(VAT 별도)지출시 토지와 건물을 함께 취득하면서 발생한 비용(중개수수료 등)은 토지와 건물의 가액에 비례하여 안분한 후 각각 취득원가에 산입함   ∙ 건물 취득원가에 산입할 중개수수료: 10,000,000 × 6/10 = 6,000,000원   ∙ 토지 취득원가에 산입할 중개수수료: 10,000,000 × 4/10 = 4,000,000원 ☞ 건물의 취득가액: 600,000,000 + 6,000,000 = 606,000,000원 토지의 취득가액: 400,000,000 + 4,000,000 + 400,000 = 404,400,000원

2. 부동산매매업자가 임대업자로부터 건물이 정착되어 있는 토지를 취득하여 구 건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하여 분양하려고 하였으나 구 건물의 임차인이 임대차계약기간이 3개월 정도 남아있어 동 기간 동안 임대하다가 계약기간이 종료되어 임차인을 내보내고 건물을 철거한 경우 구 건물의 취득가액과 철거비용이 토지에 대한 자본적 지출인지 또는 당기비용인지 여부? ☞ 토지에 대한 자본적 지출에 해당하므로 매입세액불공제

3. 건물의 취득가액, 장부가액, 철거비용 등에 대한 회계처리 ∙ 건물이 정착된 토지를 취득하여 이전 건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하는 경우: 이전 건물의 철거관련 지출액은 토지의 자본적 지출 즉, 토지의 원가에 해당 → 이전 건물의 철거관련 매입세액은 불공제 ∙ 자기 소유의 건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하는 경우: 이전 건물을 철거한 사업연도의 당기비용으로 처리 → 과세사업자인 경우 철거 관련 매입세액은 공제됨

4. 공장 신축 등에 따른 매입세액 공제 여부   • 공장부지 정지작업, 토양정밀조사 등은 토지에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제   • 지하실 터파기, 굴삭작업, 철근빔공사, 흙막이공사는 건물에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 공제   • 도로개설 및 포장공사, 배수로 설치공사, 옹벽설치 및 기타 부대시설의 경우는 별도 구축물 인지 등에 대한 사실판단에 의해 매입세액 공제

 

7. 사업자등록 전 매입세액

• 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
• 이 경우 공제여부는 등록신청일을 기준으로 판단한다.
• 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(부가법 제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일)까지 역산한 기간 내의 것은 공제한다.
• 예를 들어, 20×1.10.01.에 사업을 개시하고 20×2.01.20. 사업자등록을 신청한 사업자의 경우 20×1.2기 확정신고시 매입세액 공제 가능하다.

 

해석사례

1. 월합계 매입세금계산서 중 등록 전 매입세액의 공제(부가집 39-0-1) 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 자로부터 등록 전 매입분이 포함된 월합계세금계산서를 발급받은 때에 해당 월합계세금계산서에 포함된 법 제39조 제1항 제8호의 사업자 등록전매입세액은 공제하지 아니한다. 2. 고유번호증을 교부받은 것만으로는 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없음 고유번호증을 교부받은 것만으로는 부가가치세법 제8조에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 고유번호증을 교부받은 기간 중에 발생한 매입세액은 위 조항 소정의 '제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액'에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다 할 것이다.(서울행법2016구합1745, 2016.07.07.) 3. 면세 사업자등록만 한 경우 등록전 매입세액에 해당함 (1심 판결과 같음) 담당공무원이 잘못된 내용의 면세 사업자등록 지도를 하였다고 인정하기 부족하고, 면세 사업자등록만 하고 사업을 계속하여 왔더라도 일반과세 사업자등록을 하기 전에 부가가치세 과세사업을 영위하여 매입세액이 발생한 이상, 이는 매입세액불공제 대상의 등록전 매입세액에 해당함(서울고법2011누27188, 2013.08.30.) 4. 20일이 되는 날이 공휴일이어서 그 익일에 사업자등록 신청한 경우 사업개시일 당일에 세금계산서를 수취한 후 20일이 되는 날이 공휴일이어서 그 익일에 사업자등록을 신청한 경우 해당 세금계산서의 매입세액도 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것에 해당한다.(법규과-441,2006.02.03.)