12-2.장기보유특별공제

양도소득세 요약

 

 

장기보유특별공제

 

1. 관련 법령

 

소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유특별공제액)

 

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다(2023. 12. 31. 개정).

☞보유기간 3년 이상에 한하여 적용.

 

⑤ 제2항 단서에도 불구하고 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상의 용도를 주택으로 변경하는 경우로서 그 자산이 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산인 경우 장기보유특별공제액은 그 자산의 양도차익에 제1호에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 제2호에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다(2023.12.31. 신설).

1. 보유기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율. 다만, 다음 계산식에 따라 계산한 공제율이 100분의 40보다 큰 경우에는 100분의 40으로 한다(2023. 12. 31. 신설).

주택이 아닌 건물로 보유한 기간에 해당하는 제2항 표1에 따른 보유기간별 공제율 + 주택으로 보유한 기간에 해당하는 제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율

 

2. 거주기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율(2023.12.31. 신설)

주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간에 해당하는 제2항 표 2에 따른 거주기간별 공제율

 

⑥ 제5항 제1호 및 제2호에 따른 주택으로 보유한 기간은 해당 자산을 사실상 주거용으로 사용한 날부터 기산한다. 다만, 사실상 주거용으로 사용한 날이 분명하지 아니한 경우에는 그 자산의 공부상 용도를 주택으로 변경한 날부터 기산한다(2023.12.31. 신설).

☞ ⑤,⑥항은 2025.1.1. 이후 양도분부터 적용

 

 

제159조의4(장기보유특별공제)

 

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대1주택"이란 각각 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조제155조의2・제156조의2 제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다(2024.02.29 개정).

 

2. 개념 정리

 

(1) 제도의 취지 및 주요내용

 

# 장기보유특별공제는 양도소득세에만 있는 독특한 규정으로, 일정기간 이상 보유한 부동산의 양 도소득금액을 계산할 때 양도차익의 일정부분을 공제하는 제도이다.
계속 반복적으로 발생하는 사업소득과 달리, 양도소득은 장기간 보유에 따라 형성된 소득이 양도시 한꺼번에 실현된 것으로 물가상승에 따른 명목소득이 반영되어 있으므로 명목소득 제거를 위해 마련된 제도임.

 

# 장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 토지・건물(미등기양도자산과 조정대상지역안의 다주택은 제외) 및 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외)의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획 인가 또는 사업시행인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정)에 표1(§95②) 보유 및 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 

# 거주자(비거주자 제외)의 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함)은 그 자산의 양도차익에 표2(§95②)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말함.

 

# 부동산의 보유기간 중 용도가 변경되어 변경전 보유기간 중에는 일반적인 공제율인 표1 적용대상이었으나, 양도시점에는 2년이상 거주요건 충족한 1세대1주택으로 표2가 적용되는 경우에 대해 장기보유특별공제 계산 방법을 '23. 12. 31. 개정 신설함. 아래 (6) 설명 참조.

 

# 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지이나 이월과세가 적용되는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고, 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산.

# 1세대1주택인 고가주택은 보유기간 중 2년 이상 거주하였으면 표2(최대 80%)에 따른 공제율을 적용하고, 2년 이상 거주하지 않았으면 표1(최대 30%)에 따른 공제율을 적용

 

# 비사업용토지에 대하여도 장기보유특별공제를 적용할 때 보유기간의 기산일을 취득일로 규정하고 있다.

 

#  장기보유특별공제액은 해당자산의 양도차익의 범위 내에서 공제하며, 과세기간에 자산별로 양도차익과 양도차손이 발생하는 때에는 먼저 각 자산별로 장기보유특별공제액을 계산하여 공제한 이후에 결손금을 통산

 

 

(2) 장기보유특별공제 적용대상

 

보유기간이 3년 이상인 토지・건물(미등기양도자산 제외) 및 조합원입주권

☞조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것 제외)은 관리처분계획 인가 및 사업시행계획인가 전 토지 또는 건물분의 양도차익에 한정하여 적용함

 

(3) 장기보유특별공제 적용 제외

 

① 부동산이 아닌 자산(조합원입주권 제외)

② 보유기간 3년 미만의 부동산

③ 미등기양도자산(법률의 규정에 의하여 등기가 불가능한 자산 등 제외. 소령§168)

④ 국외부동산(소법§118의8)

⑤ 중과세 대상인 다주택자가 양도하는 조정대상지역 주택

 

(4) 공제율

 

1) 일반 토지・건물(아래 표2에 해당하지 않는 주택포함), 조합원입주권(소법§95② 표1)

보유기간	3년~	4년	5년	6년	7년	8년	9년	10년	11년	12~14년	15년이상
공제율	6%	8%	10%	12%	14%	16%	18%	20%	22%	24~28%	30%

 

 

2) 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주한 1세대 1주택(일시적 2주택 등 포함) (소법§95② 표2)

구분		3년이상	4년	5년	6년	7년	8년	9년	10년 이상
공제율	보유	12	16	20	24	28	32	36	40%
	거주	12(8)	16	20	24	28	32	36	40%
	합계	24(20)	32	40	48	56	64	72	80%

☞상생임대주택요건(소령§155의3)을 충족한 경우도 2년 이상 거주한 것으로 봄

☞보유기간이 3년 이상(12%)이고 거주기간이 2년 이상(8%)인 경우 20% 적용

 

 

• 1세대1주택에 적용되는 장기보유특별공제율은 거주자에게만 적용
  • 양도일 현재 비거주자이면, 1세대1주택에 해당하더라도 [표1]에 해당하여 최고 30% 공제율만 적용(소법§121② 단서)
• 최고 80% 공제가 가능한 '일시적 2주택 등‘이란 아래 주택을 의미(소령§159의4)
  • ① 소령§155 대상 주택: 일시적인 2주택의 종전주택, 선 순위 상속1주택 外, 일반주택, 농어촌주택 外 일반주택, 수용 후 3년 내 잔존양도주택, 동거봉양합가2주택, 혼인2주택, 문화재주택 외 주택, 수도권 외 공공기관 또는 법인이전 관련 주택, 임대주택 또는 가정어린이집 보유자의 거주주택, 비과세대상 조합원입주권
  • ② 소령§155의 2 대상 주택 : 장기저당담보주택
  • ③ 소령§156의 2 대상 주택: 조합원입주권과 일반주택 관련 주택
  • ④ 소령§156의 3 대상 주택: 분양권('21.1.1. 이후 취득분)과 일반주택 관련 주택
  • ⑤ 그 밖의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 주택

(5) 취득유형별 장기보유특별공제 보유기간 기산점 (초일산입)

 

• 상속받은 부동산
  • 상속개시일(동일세대원 상속시에도 적용)
• 증여받은 부동산
  • 증여등기접수일
• 재산분할 부동산
  • 이혼전 배우자의 취득한 날
• 이월과세 부동산
  • 당초 증여자가 취득한 날
• 부당행위계산 대상 부동산
  • 당초 증여자가 취득한 날
• 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발・재건축 등
  • 원조합원: 종전 주택을 취득한 날
  • 승계조합원: 신축 완성 주택의 취득시기(사용승인서 교부일, 임시사용승인일, 사실상의 사용일 중 빠른 날)
• 건축법에 의한 임의재건축, 기존주택 멸실 후 신축하는 경우
  • 주택 부수토지는 당초 취득한 날
  • 신축 완성 주택은 사용승인서 교부일 등 빠른 날

(6) 용도변경시 장기보유특별공제 계산방법

 

1) 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 용도 변경하고 1세대1주택으로 주택 보유기간이 2년 이상인 경우, 즉 표2의 높은 공제율을 적용할 부분과 표1의 공제율이 동시에 적용되는 경우 장기보유특별공제 계산방법( 2023. 12. 31. 「소법」§95⑤,⑥ 신설. 2025.1.1. 이후 양도분부터 적용 「소부칙」 법률 제19933호, 제1조제3호 )

 

신설 규정에서는 전체 보유기간 중 주택으로서의 보유기간(표2)과 주택 외 건물로서의 보유기간(표1)에 따른 공제율을 더하여 보유기간별 공제율을 계산하고(최대 40% 한도), 거주기간에 따른 공제율은 주택으로서 보유기간 중 거주기간별 공제율로 계산하여, 두 가지 공제율을 합산하여 장기보유특별공제금액을 계산하도록 함.

관련 사례

• 2016. 1. 1 : 상가취득 • 2019. 1. 1 : 주택으로 용도변경 • 2021. 1. 1~2023. 6. 30 : 해당 주택에 입주하여 거주(2년 6개월) • 2025.10.31 : 양도

「소령」 §95⑤,⑥ 신설 후('25.1.1. 이후 양도분부터) A. 보유기간별 공제율 Max(주택외 보유기간 18% + 주택 보유기간 24%=42%, 한도 40%) : 40% B. 거주기간별 공제율 주택 보유기간 중 거주기간 2년6개월 : 8% ▶장기보유특별공제율(A+B) = 40%+8%=48%

 

2) [저자주] 한편, 반대로 주택을 주택외 건물로 용도변경하는 경우는

① 다른 주택을 소유하지 않은 세대인지,

② 소법§104⑦(1)에 따른 다주택 중과대상 주택인지에 따라 해석을 달리하고 있는 것으로 보임.

①의 경우는 전체 보유기간에 대해 표1을 적용하나(사전-2021-법령해석재산-0971, 2021.08.31.),

②의 경우는 용도변경 전 중과대상주택은 장기보유특별공제 배제대상임을 감안하여, 건물의 전체 보유기간 중 근린생활시설로 사용한 기간(용도변경일 이후 양도일까지 기간)만 표1을 적용함(사전-2022-법규재산-0881, 2022.12.28., 사전-2021-법령해석재산-0939, 2021.11.08., 재산세과-903, 2009.05.08., 소득세집행기준 95-159의 [다세대주택을 다가구 주택으로 용도변경한 경우]외 다수).

 

3. 체크할 사항

 

• 장기보유특별공제는 토지・건물과 조합원입주권에 대하여만 적용하므로, 3년 이상 보유한 주택(고가주택 포함)과 상가, 비사업용토지에도 적용된다.
• 1세대1주택에 적용하는 최고 80%인 장기보유특별공제율 표2는 양도 당시 1세대1주택(일시적 2주택 등 1세대1주택으로 보는 경우 포함)으로서 보유기간 중 2년 이상 거주한 경우에만 적용가능
• 부동산 보유기간 중 주택외 건물에서 주거용 건물로 사실상 용도변경한 경우 장기보유특별공제 계산방법 신설규정(소법§95⑤) 적용('25년 이후 양도분부터).
• 공동상속주택의 1세대1주택 비과세 거주요건 및 장기보유특별공제 1세대1주택 2년 이상 거주요건 판단시 거주 주체 판단('24.2.29. 이후 양도)
  • 공동상속인 중 해당 주택에 거주한 기간이 가장 긴 사람
• 장기보유특별공제율 표2(1세대1주택으로서 2년 이상 거주한 주택)에 해당하는지를 판단할 때(소령§159의3)의 거주기간과 표2가 적용되는 경우 거주기간에 따른 장기보유특별공제율을 판단할 때의 거주기간은 다름에 유의. (자세한 내용은 관련 사례 및 해석 참조)

 

4. 관련 사례 및 해석

 

1) 예규・판례

 

“주택의 용도를 변경한 경우 보유기간 계산"(집행기준95-159의2-3)

-주택을 주택 외의 용도로 변경하여 사용하다가 이를 다시 주택으로 용도 변경하여 사용한 후 양도한 경우 해당 주택의 보유기간 계산은 해당 건물의 취득일부터 양도일까지의 기간 중 주택으로 사용한 기간을 통산한다.

 

장기보유특별공제 적용 시 보유기간 및 거주기간의 기산일(서면-2021-법령해석재산-0900, 2021.04.16.)

주택 양도시 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 해당주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 거주기간은 해당주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것

 

지적재조사사업으로 증가된 공부상 토지면적의 장기보유특별공제 보유기간 계산 방법 등(서면-2018-법령해석재산 - 3652, 2019.08.21.)

「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 지적재조사사업에 의한 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 그 증가된 면적에 해당하는 토지를 2018.12.31. 이전에 양도하는 경우에 한정하여 양도소득 계산 시 취득가액에 포함하는 것이며, 같은 토지에 대한 장기보유특별공제액 계산에 따른 보유기간은 「지적재조사에 관한 특별법」 제25조에 따른 등기촉탁의 등기접수일과 같은 법 제20조에 따른 조정금의 납부 완료일 중 빠른 날부터 기산하는 것

 

거주자에서 비거주자로 다시 거주자가 된 상태에서 1세대 1주택 양도 시 계산방법(사전-2017법령해석재산-0679, 2019.11.29.)

거주자가 주택을 취득한 후 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 되어 해당 주택을 양도하는 경우로서 양도일 현재 1세대1주택인 경우 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 「소법」 제95조제2항의 주택의 전체보유기간에 대한 표1에 따른 공제율과 거주자로서 보유기간에 대한 표2에 따른 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것

 

노후 등으로 멸실하고 재건축한 주택의 부수토지에 대한 공제율(토지)(재산세제과-34, 2017.01.16.)

노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택으로서 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따른 비과세대상에서 제외되는 고가주택을 양도하는 경우, 해당 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 공제율은 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용하는 것임.

 

조합원입주권 양도시 장기보유특별공제액 계산방법(기획재정부 재산세제과-621, 2009.03.26.)

주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하고 해당 양도소득금액을 계산할 때, 소득세법 제95조제1항에 따른 장기보유특별공제액은 같은법 제2항 및 같은법 시행령 제166조제1항에 따라 기존건물과 그 부수토지의 관리처분계획인가일까지의 양도차익에 대하여 해당 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 공제율을 곱하여 계산한 금액을 적용하는 것

 

청산금에 대한 장기보유특별공제 계산방법(기획재정부 재산세제과-439, 2014.06.09.)

주택재건축사업의 조합원이 당해 조합에 기존건물(그 부수토지를 포함, 이하 같음)을 제공하고 기존건물의 평가액과 신축건물의 분양가액에 차이가 있어 청산금을 수령한 경우「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유특별공제 적용시 보유기간은 동법 제95조제4항에 따라 당해 자산의 취득시기부터 양도일까지 하는 것

 

재건축 후 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 경우 청산금에 대한 장기보유특별공제 계산시표2 적용여부(서면-2021-부동산-8390, 2022.02.22., 서면-2021-부동산-1042, 2021.03.11.)

재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서, 기존주택에서 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에도 「소득세법」제95조 제2항 표2. 에 따른 보유기간별 공제율을 적용. 다만, 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 경우 청산금납부분 양도차익에 대해서는 「소득세법」 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것임.

참고사례

관리처분인가 후 철거전 거주기간이 있는 경우 조합원입주권의 장기보유특별공제 적용방법(사전-2023-법규재산-0141, 2023.11.30.) 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 표2 적용여부를 판정하는 것이나, 「소득세법」제95조제2항 「표2」의 거주기간별 공제율에 해당되어 공제율을 산정하는 거주기간 계산시에는 관리처분인가일 이후 실제 거주기간을 포함하지 않는 것임. ☞ 해설 관리처분인가일 이후 실제 거주기간이 [표1]인지 [표2]인지 계산할 때는 반영되나, 조합원입주권 양도차익에 대한 장기보유특별공제율 적용원칙은 부동산상태의 기간(기존멸실주택 취득후 관리처분인가 전까지) 기간만 장기보유특별공제율을 적용하고 입주권(권리상태)인 기간은 포함하지 않으므로 표2의 거주기간별 공제율 산정시 거주기간은 관리처분인가일 이후 기간은 포함하지 않음.

 

주택부수토지가 주택보다 보유기간이 오래된 경우(기획재정부 재산세제과-1183, 2010.12.10.)

「소득세법」제95조제2항을 적용할 때 1세대1주택에 딸린 토지를 양도하는 경우로서 주택보다 보유기간이 오래된 주택 부수토지에 대한 장기보유특별공제는 그 토지의 전체보유기간에 따른 같은 항 표1의 공제율과 주택 부수토지로서의 보유기간에 따른 같은 항 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하는 것임.

 

특정주식 양도소득에 장기보유특별공제 배제는 합헌(헌재 2009헌가22, 2010.03.31.)

양도소득세율과 장기보유특별공제는 그 입법취지가 서로 달라 각자의 입법취지에 따라 독자적인 정책적・기술적 판단을 요구하기 때문에 특정주식의 양도소득세율을 정함에 있어 부동산의 양도소득세율과 같게 정하였다고 하여 양도소득금액의 산정과 관련된 장기보유특별공제에 있어서도 똑같이 취급하여야 할 논리적 필연성이 있다고 보기는 어렵고, 특히 부동산의 건전한 투자 및 소유 행태를 유도하기 위한 장기보유특별공제 제도의 입법취지를 고려할 때, 부동산과다보유 법인의 주주가 그 법인 보유의 부동산을 직접 소유한 것으로 의제하여 장기보유특별공제를 인정해야 할 당위성은 인정하기 어려우므로, 이러한 모든 사정을 종합하면, 이 사건 법률조항은 특정주식 양도자와 부동산 양도자를 자의적으로 차별취급하고 있다고 보기 어려워 조세평등주의에 반하지 아니함.

 

장기보유특별공제 적용 방법(기획재정부 재산세제과-720, 2021.8.10.)[장기보유특별공제 표2 적용여부 판정시와 표2의 보유・거주기간별 공제율 산정시 유의]

소령§159의3에 따른 “보유기간 중 거주기간 2년 이상 해당여부를 판정함에 있어, 피상속인과 상속인이 동일세대원으로서 보유 및 거주한 기간은 통산

☞공제율 적용시의 보유・거주기간은 취득일부터 양도일까지로 상속의 경우 동일세대원으로부터 상속이라 하더라도 상속개시일부터 기산하여 공제율을 적용함.